Именно в Лейпциге его постиг удар судьбы — в ноябре 1835 года умер его отец. Во время печального Рождества мать взяла с него обещание найти спутницу жизни. Феликс знакомится с Сесиль Жанрено и влюбляется с первого взгляда. Но он был так сдержан, что девушка долго даже не подозревала о его чувствах. А он писал сестре: «Я так ужасно влюблен, как еще ни разу в жизни, право, не знаю, что и делать. Послезавтра я должен уехать из Франкфурта, а между тем у меня такое чувство, что отъезд может стоить мне жизни». 9 сентября они обручились.
Сесиль происходила из зажиточной семьи гугенотов, она была красивой, молодой, с приятным характером и очаровательными манерами, прекрасной и застенчивой девушкой, но недостаточно умной для такого мужа, на что тот не обращал ни малейшего внимания. Она была любовницей, супругой и сестрой одновременно, которая смогла вернуть ему счастье юных лет и родила пятерых детей. Гармоничная семейная жизнь окрылила его на воплощение новых композиторских замыслов, среди них в первую очередь можно назвать струнные квартеты. По его словам, он жил как в раю. Семейная жизнь сделала его более счастливым, чем жизнь музыкальная.
После возвращения из свадебного путешествия он принял руководство фестивалем в Бирмингеме, взвалив на себя тем самым тяжелую ношу. И в дальнейшем он организовывал фестивали в Бирмингеме, Дюссельдорфе, Аахене, руководил церковным хором в Берлине, директорствовал во Франкфурте — это лишь некоторые дела Мендельсона в те годы. Он постоянно переезжает с места на место.
Наконец королю Саксонии удалось уговорить Мендельсона в середине августа 1845 года снова вернуться в Лейпциг. Он был назначен руководителем концертов Гевандхауза и сохранил этот пост до самой смерти.
Неутомимость Мендельсона трудно понять. Может быть, причиной этого деятельного беспокойства был неосознанный страх смерти, от которого он спасался бегством в кипучую деятельность. Однако, несмотря на многочисленные обязанности директора, дирижера и пианиста, он продолжал композиторскую деятельность. Мендельсон был не только гениальным музыкантом, но и ученым, который свободно владел немецким, французским и английским языками, мог читать по-латыни и по-гречески. Он оставил дюжину совершенных рисунков и акварелей, которые делал по итогам своих многочисленных поездок по Европе, прослыв оригинальным художником.
Его письма хвалили за их литературный стиль и элегантность. Список друзей и корреспондентов Мендельсона читается как справочник «Кто есть кто»: там не только представители европейских дворянских домов, монархи Пруссии и Саксонии, королева Виктория и принц Альберт, но и Александр фон Гумбольдт, Гегель, сэр Вальтер Скотт, Генрих Гейне, Диккенс и Теккерей. Композитор состоял в переписке со своими коллегами: Беллини, Берлиозом, Керубини, Шопеном, Доницетти, Глинкой, Гуно, Листом, Мейербером, Россини и Вагнером.