Война и мир в его понимании были так же несовместимы, как наука и вера. Официальная идеология требовала от советского ученого атеистической позиции… Кашкай, как и многие, полагал, что всерьез и без предубеждений наукой просто не мог заниматься человек, по-настоящему верующий в Бога. Так и с войной. Он исходил из того, что нельзя, стремясь к сохранению жизни на Земле, денно и нощно молиться идолам войны.
«За пять тысяч лет человеческой истории было 15 513 больших и малых войн, которые унесли жизни 3 миллиардов 640 миллионов человек. Неужели этого мало?» — вопрошал академик.
В его антивоенных выступлениях проводится одна и та же мысль: особую опасность для человечества, наряду с экологической катастрофой, представляет пропаганда ненависти одних народов к другим. Именно ненависть являлась всегда движущим мотивом, идеологией кровопролитных войн, насилия, массовых репрессий. Их разрушительные последствия во сто крат превосходят самые катастрофические землетрясения, ураганы, торнадо, убеждал современников М. Кашкай.
Конечно, борьба за мир являлась делом глубоко политическим, и позиция советского ученого определялась не только его личными духовными, нравственными установками, но и отношением официальных властей прежде всего. В этом плане события, которые разворачивались вокруг призыва Альберта Эйнштейна и других, складывались более чем благоприятно. Вскоре выяснилось, что к движению ученых примкнул известный американский промышленник и общественный деятель Сайрус Итон. По его инициативе в июле 1957 года в канадском городе Пагуоше (Pugwash) состоялась первая конференция ученых, выступающих за мир, разоружение и международную безопасность, за предотвращение термоядерной войны и широкое сотрудничество в этом плане ученых всего мира. Итону благоволил Н. Хрущев, встречавшийся с ним во время поездки в США (позже знаменитый американец был удостоен Международной Ленинской премии).
В таких вот условиях оптимистических ожиданий и состоялось собрание научной общественности Азербайджана, заявившей о своем присоединении к движению за мир против ядерной войны. Выступая на этом форуме, М. Кашкай говорил о том, что ученые несут особую ответственность за судьбы человечества и им не должно быть безразлично, в каких целях используются их идеи и открытия.
Участники собрания почтили память невинных жертв атомных бомбардировок японских городов, заявив, что люди науки сделают всё, чтобы подобная катастрофа не повторилась.
Так его судьбу пересекла новая политическая линия, благодаря которой он почувствовал себя частицей великого содружества ученых. Он был глубоко убежден, что ученые, объединив свои усилия, смогут обуздать безумие военщины. Мир уже раскололся на два враждебных лагеря. Но это было время, когда ученые пользовались особым авторитетом и уважением народов. Имена Альберта Эйнштейна, Жолио-Кюри произносились с благоговением и надеждой. Пагуош продемонстрировал людям простую мысль — политики могут ссориться и мириться, государства могут сколько угодно воевать (в разгаре была корейская война американцев, французы воевали во Вьетнаме, а затем оставили его тем же американцам), но никакие государственные границы, никакие войны не смогут разделить братство ученых, задавшихся целью отвести угрозу ядерной катастрофы, нависшей над человечеством.