Так оттепель в Азербайджане вступила в свою вторую фазу, и нет ничего случайного в том, что вслед за партийным идеологом счел нужным вернуться к национальным истокам и академик Кашкай. Может, прямой связи между выступлениями этих двух выдающихся азербайджанских интеллектуалов и не было, но то, о чем писал, размышляя об этических традициях своего народа М. Кашкай, вполне вписывалось в общий контекст духовной раскрепощенности, которая утверждалась в азербайджанском обществе.
…В то лето ждали перемен и в Академии. Было ясно, что тяжело заболевший президент Рустам Исмайлов в свой кабинет больше не вернется.
Наиболее вероятной кандидатурой на этот пост в научных кругах, да и в более широких интеллигентских слоях общества, рассматривался Мир-Али Кашкай. Его научное творчество, активное участие в Пагуошском движении снискали ему международное признание, любовь и уважение не только среди ученых, но и простых людей едва ли не во всех, даже самых отдаленных, уголках азербайджанской земли, которую он в буквальном смысле этих слов исходил и объездил во время своих многолетних экспедиций.
В те годы еще сильно было уважение к отцам-основателям Академии, и Кашкай воспринимался многими как символ преемственности, как фигура, способная сохранить, сберечь и продолжить демократические традиции. Благодаря им Академия и сохраняла какие-то признаки автономии. Еще живы были ученые, которые помнили, что Мир-Касимов, Мамедалиев, Кашкай умели своим авторитетом ограждать мир науки от грубого партийного окрика.
Словом, для многих ученых М. Кашкай с учетом его интеллигентности, даже утонченности во взаимоотношениях, мягкого характера и твердых убеждений, представлялся желанным руководителем. В самой Академии еще помнили порядки и нравы, царившие при Мир-Касимове, Мамедалиеве. Кашкай был одним из той знаменитой «могучей кучки», как когда-то назвал своих единомышленников академик И. Ибрагимов.
Хотели видеть Кашкая во главе АН Азербайджана и влиятельные силы из Академии наук СССР. Желали настолько, что министр геологии СССР, академик А. В. Сидоренко, счел нужным как-то при встрече с Г. Алиевым поинтересоваться, кого рассматривают в Баку в качестве нового президента Академии наук (дело было после кончины Р. Исмайлова).
— Трудно с кадрами вообще и научными в частности, — уклончиво ответил партийный руководитель. — До нас никто и не думал о резерве. Надо поискать, взвесить, обдумать…
Министр по роду своей работы хорошо знал, каким резервом располагает одна только геологическая школа республики, но знал также и то, что с партийными вождями спорить не стоит. И тем не менее посчитал необходимым сказать на прощание: «Вам особенно искать и не надо. Мир-Али Кашкай — готовый президент Академии наук Азербайджана. В нем есть все, что вполне соответствует провозглашаемым вами принципам: настоящий ученый, пользуется союзным, международным авторитетом и признанием. Человек, которого называют отцом геологической школы, не может не обладать способностями организатора науки. И последнее: его любят в народе. Он интеллигентен, честен и неподкупен».