Енохианская магия Джона Ди и Эдварда Келли использовалась как один из элементов посвятительных ритуалов, и секретных инструкций в ордене Золотой Зари, возникшем в Великобритании в течение второй половины XIX – начала XX века, и в ряде других эзотерических обществ.
Известно о тесных связях Ди с книготорговцем Арнольдом Биркманном. В своем письме, датированном 1604 годом, Иоганн Радермахер упоминает о встрече Бринкманна и Ди в лавке Биркманна более чем за 40 лет до этого. В 1577 году Ди сообщил картографу Абрахаму Ортелиусу, члену общества фамилистов, что корреспонденция в Антверпен могла бы быть доставлена слугами Биркманна, которого долгое время подозревали в принадлежности к «Семье Любви» (Family of Love) – тайному обществу с несколькими уровнями членства, каковые, очевидно, имели спиритуалистический характер и занять которые могли в равной степени как католики, так и протестанты. Не исключено, что Джон Ди тоже был фамилистом.
В 1583 году Ди реформировал для Англии юлианский календарь и отправился на континент. В 1584 году жил в Праге под покровительством Рудольфа II, императора Священной Римской империи, интересовавшегося герметикой, в 1585 году посетил Краков, где объяснил принципы герметической магии королю Польши Стефану Баторию, а в 1586 году вернулся в Прагу.
Ди вернулся в Англию в 1589 году. За шесть лет его отсутствия библиотека в Мортлэйке, в создание которой Ди вложил столько сил и средств, была частично разворована, многие ценные книги и научные инструменты утрачены.
В течение нескольких лет Ди пытался добиться назначения на какой-нибудь пост и компенсировать материальные потери, понесённые за время путешествий с Келли. Сперва он добивался назначения на должность Магистра Креста Св. Иоанна. Его прошение было одобрено Елизаветой при условии, что своё согласие даст также архиепископ Кентерберийский. Однако Ди так и не получил одобрения тогдашнего архиепископа Джона Уитгифта.
В 1592 году (или 1596) Ди наконец был назначен ректором Колледжа Христа в Манчестере. Однако он с трудом справлялся со своими обязанностями, поскольку находившиеся под его началом коллеги не желали подчиняться «злому волшебнику».
Ди был трижды был женат и имел восемь детей. Его старший сын Артур Ди (1579–1651) также занимался алхимией и герметической философией. И в 1620—1630-х годах был придворным врачом русского царя Михаила Федоровича.
Джон Ди умер 6 марта 1609 года в Мортлэйке и был там похоронен.
Элиас Эшмоул через нескольких десятилетий после смерти Ди сообщил о том, что он был «был опознан как член Братства R.Cr., членом этого Братства… Филиппом Цайглером…». Этот последний, революционный розенкрейцерский пророк, прибыл в Англию в 1626 году и наделал много шума. Однако возможно, что Ди был знаком с Фрэнсисом Тинном, поэтом из лондонского общества «Розы», изучавшим алхимию. В своем дневнике под датой 1 марта 1589 года Ди записал: «Я получил письмо от мистера Тинна».