Значимые связи с розенкрейцерством могли быть установлены через двух слуг Ди. Кук работал на мага с 1567 по 1581 год. Они повздорили и расстались, однако затем помирились, и Кук вернулся на службу к Ди в 1600 году. Оказывается, что в качестве ассистента Корнелиуса Дреббеля, алхимика-изобретателя, пока тот трудился на императора Рудольфа II в Праге вплоть до 1612 года, значился «Роджер Кок». По всей вероятности, это и был «Кук». Дреббель же был видной фигурой среди розенкрейцеров. Приблизительно с 1603 года и вплоть до смерти Ди у него был молодой ученик по имени Патрик Сэндерс, которому после ухода учителя достались некоторые из его манускриптов. Со временем, став сотрудником Лондонского медицинского колледжа, Сэндерс подготовил к печати труд Роджера Бэкона «Epistola… De Secretis Operibus Artis et Naturae», который был опубликован в Гамбурге в 1618 году. Он посвятил это издание братству розенкрейцеров.
Филип Сидни писал Юберу Ланжэ 11 февраля 1574 года: «Однако, конечно, существенно… для тебя помнить, что наш «неизвестный Бог» [Ди] из той же земли и субстанции и встретит твое несвоевременное появление много смеясь, если примет как родного брата; в противном случае в своем гневе он, вероятно, может замахнуться на тебя своей иероглифической монадой, подобно Юпитеру, метающему молнию, – ибо такова ярость духов небесных». Американский исследователь Рон Хайслер так комментирует этот текст: «Сидни, который изучал химию, «ведомый Богом, с Ди в роли учителя и Дайером в роли компаньона», делает остроумное замечание, центром коего является фраза – «наш «неизвестный Бог», чьи полномочия воспринимались более серьезно. Сидни прямо намекает на культивирование prisca theologia – изначальной религии внутри общепринятой, следовательно, зададимся вопросом, приобрела ли секта Ди к 1574 году определенную форму? Мы не можем быть уверены относительно этого, точно можем сказать лишь одно: культ Джона Ди был фактом действительности. Интеллект и эрудиция Ди, вызывавшие восторг у других возвышенных, стали питательной средой для его неутолимого эгоизма…
Взаимоотношения между Ди и кругом Сидни детально не зафиксированы. Но что касается других – последствия были просто потрясающими. Неуклюжее танго, что танцевал Ди с алхимиком и исследователем Эдрианом Джилбертом, двоюродным братом сэра Уолтера Рэйли, превосходно описано в духовных дневниках. 26 марта 1583 года Ди вопрошает у духа: «Должен ли Эдриан Джилберт быть посвящен в эти Таинства?» В заметках на полях Ди замечает, что Джилберт «может быть посвящен, однако он не должен быть Практиком». Степень, до которой Джилберт может быть «посвящен в наши практики», доставляла Ди постоянное беспокойство. К 1590-м Ди обзавелся новыми близкими друзьями. Мы располагаем заметками, сделанными им на книжном форзаце, датированными 31 мая 1594 года, где он наградил «м-ра Баркера» (врач Томас Баркер?) и «м-ра Элпеда» (несомненно Ричард Элред) титулом «Discipulos» – учеников! Касательно Элреда, 23 марта того же года Ди отмечает в дневнике: «Маг разоблачен дружбой м-ра Ричарда Элреда». Увы, никого дальнейшего пояснения у Ди нет».