Свифт утверждал, обращаясь к своему другу, поэту Александру Поупу (1688–1744): «Вы и все мои друзья должны позаботиться о том, чтобы мою нелюбовь к миру не приписывали возрасту; в моём распоряжении есть надёжные свидетели, которые готовы подтвердить: с двадцати до пятидесяти восьми лет это чувство оставалось неизменным». Он полагал, что англиканская церковь меньше испорчена пороками, фанатизмом и произвольными извращениями христианской идеи по сравнению с католицизмом и радикальным пуританизмом. Свифт хотел найти пути улучшения человеческой природы, отыскать способ возвысить её духовную и разумную составляющие. Естественный же человек, по Свифту, в своем природном состоянии лишенный веры и благодати, оказывается самым омерзительным из скотов, который и может быть только рабом у лошадей, как это происходит в «Путешествиях Гулливера». Свифт выступал против всех видов тирании, однако требовал, чтобы недовольное политическое меньшинство подчинялось большинству, воздерживаясь от насилия и беззакония. Тому же Поупу он писал: «Я всегда ненавидел все нации, профессии и всякого рода сообщества; вся моя любовь обращена к отдельным людям: я ненавижу, например, породу законников, но люблю адвоката имярек и судью имярек; то же самое относится и к врачам (о собственной профессии говорить не стану), солдатам, англичанам, шотландцам, французам и прочим. Но прежде всего я ненавижу и презираю животное, именуемое человеком, хотя от всего сердца люблю Джона, Питера, Томаса и т. д. Таковы воззрения, коими я руководствовался на протяжении многих лет, хотя и не высказывал их, и буду продолжать в том же духе, пока буду иметь дело с людьми».
Свифт стал членом лондонской ложи Козла (The Goat lodge) № 16 не позднее 1730 года. В то время члены ложи собирались в доме таверны «Goat at the Foot» на Хаймаркет. Также нельзя исключить, что он был инициирован в ложе Тринити-колледжа в 1688 году.
Джонатан Свифт умер от последствий инсульта 19 октября 1745 года в Дублине. Он был похоронен в центральном нефе собора Святого Патрика рядом с могилой Эстер Джонсон, латинскую эпитафию на надгробной плите он сам сочинил заранее, ещё в 1740 году, в тексте завещания: «Здесь покоится тело Джонатана Свифта, декана этого собора, и суровое негодование уже не раздирает его сердце. Ступай, путник, и подражай, если можешь, тому, кто мужественно боролся за дело свободы».
Часть своего состояния Свифт завещал употребить на создание лечебницы для душевнобольных; «Госпиталь Святого Патрика для имбецилов» был открыт в Дублине в 1757 году и существует по сей день, являясь старейшей психиатрической клиникой в Ирландии.