Джонатан Свифт. Художник М. Даль. 1734 г.
В 1705 году, разочаровавшись в вигах, Свифт вернулся в Ирландию, где получил приход в деревне Ларакор, и проживал там до конца 1707 года. В одном из писем он сравнил распри вигов и тори с кошачьими концертами на крышах. Около 1707 года Свифт познакомился с 19-летней сиротой Эстер Ваномри (1688–1723), с которой у них завязалась трогательная переписка, в которой Свифт именовал девушку Ванессой. Одновременноо Свифт почти ежедневно писал Эстер Джонсон, которую называл Стеллой. Эти письма составили его книгу «Дневник для Стеллы», изданную посмертно. Эстер-Стелла поселилась в ирландском поместье Свифта на правах воспитанницы. Существует гипотеза, что Джонатан и Стелла тайно обвенчались около 1716 года, но документальных доказательств этого пока не найдено.
В 1710 году тори во главе с Генри Сент-Джоном, впоследствии виконтом Болингброком (1678–1751), пришли к власти в Англии, и Свифт их поддержал, поскольку они заключили мир с Францией и осудили коррупцию и пуританский фанатизм. Он подружился с Болингброком и стал публиковаться на страницах консервативного еженедельника «The Examiner».
В 1713 году Свифт стал деканом собора Святого Патрика. В 1720 году он включился в борьбу за автономию Ирландии, поскольку считал, что метрополия разоряет Зеленый остров. Тогда же Свифт начал писать самую знаменитую свою книгу – «Путешествия Гулливера». В 1724 году он анонимно издал многотысячным тиражом «Письма суконщика», призывавшие к бойкоту английских товаров и неполновесной английской монеты. Резонанс от «Писем» был столь сильным, что Лондону пришлось срочно назначать нового наместника для успокоения ирландцев. В итоге Англия вынуждена была пойти на ряд экономических уступок Ирландии, и англиканский декан Свифт стал национальным героем и неофициальным лидером католической Ирландии. Современник отмечает: «Его портреты были выставлены на всех улицах Дублина… Приветствия и благословения сопровождали его всюду, где бы он ни проходил». В 1729 году Свифту присвоили звание почетного гражданина Дублина.
В 1726 году вышли первые два тома «Путешествий Гулливера»; остальные два были опубликованы в следующем году. Книга имела невероятный успех, была трижды переиздана за несколько месяцев и переведена на другие языки.
В 1728 году умерла Стелла, что стало огромным потрясением для Свифта. В последние годы он страдал от серьёзного душевного расстройства; в одном из писем он упоминал «смертельную скорбь», убивающую его тело и душу. В 1742 году после инсульта Свифт потерял речь и частично умственные способности, после чего был признан недееспособным.