Второй историографический период советского времени, находящийся уже за пределами самого сталинизма, охватывает вторую половину 1950-х – начало 1990-х гг. В свою очередь, он подразделяется на два этапа: вторая половина 1950-х – середина 1980-х гг. и годы перестройки.
Первый этап начинается с оттепели, с появления новых возможностей и направлений исследований. У самих же историков появляется возможность взглянуть на развитие исторического образования и исторической науки в годы сталинизма с критической точки зрения. Продолжение данный этап получил в годы развитого социализма (со второй половины 1960-х гг.). Он характеризуется также появлением в зарубежной историографии (прежде всего, в англо язычных работах американских и английских советологов) исследований, связанных с предметным полем данного исследования.
На втором этапе в годы перестройки происходит политическая и идеологическая переориентация ряда историков, их подходов к исследованию самой истории, смена исследовательских парадигм.
В годы перестройки определяется круг новых историографических проблем и вопросов для отечественных историков. Вместе с переосмыслением исторического прошлого, поиском новых форм и методов исследований, новых тем и направлений, исследованием белых пятен появляются и новые историографические сюжеты, связанные с историей исторического образования и исторической науки в СССР, преимущественно на новой источниковой основе.
Политика перестройки позволила отечественным исследователям более критично подойти к рассмотрению традиционных сюжетов. Эти исследования выдержаны, как правило, в рамках традиционной советской историографии, но в них в то же время нашли отражение критика политики КПСС и плюрализм мнений. Региональные историки в меньшей степени были вовлечены в эти процессы, о чем свидетельствуют их публикации.
Работы отечественных исследователей советского периода, несмотря на их идеологическое наполнение, внесли существенный вклад в изучение истории высшего исторического образования и отечественной исторической науки в СССР, и частично на региональном уровне. За этот период в научный оборот были введены многие документы, накоплен значительный эмпирический материал, началось формирование целостной картины исторического образования и исторической науки в высшей школе.
Зарубежные исследователи-советологи в своих работах, основываясь на доступных им источниках и литературе, предпринимали попытки решения важнейших проблем существования в условиях тоталитарной и авторитарной моделей советского государства таких важных общественных институтов, как высшее образование и наука