Известна была доброта Г. П. Макогоненко, его готовность прийти на помощь близким и не очень близким людям, оказавшимся в тяжелой ситуации. Так, во время блокады Георгий Пантелеймонович, сотрудничавший в Радиокомитете, в котором были сосредоточены общественная жизнь города и дух его сопротивления насилию и угрозе фашистской оккупации, приезжал с фронта и привозил микроскопические подарки женщинам-сотрудникам (сухарь, кусочек хлеба, конфету). Когда детская писательница Александра Иосифовна Любарская, подвергшаяся аресту, потерявшая мужа, погибшего после осуждения, была выпущена из тюрьмы, ее встретил и привел домой Г. П. Макогоненко. Когда после блестящей конференции, посвященной «Слову о полку Игореве», в партбюро филологического факультета поступил клеветнический донос на одного из докладчиков — Ю. М. Лотмана, — и началось разбирательство с допросами слушателей, Г. П. Макогоненко явился на партбюро и, опровергнув донос, взял на себя ответственность за все, что происходило на конференции.
Макогоненко сыграл большую роль в том, что Б. М. Эйхенбаум, ошельмованный, отстраненный от работы в университете и лишенный возможности публиковаться, был привлечен к участию в изданиях «Библиотеки поэта». Здесь надо сказать, что смелость и самостоятельность в принятии этого решения проявил и возглавлявший тогда редколлегию издания В. Г. Базанов, очень считавшийся с мнением Макогоненко.
Макогоненко оказал влияние и на судьбу другого крупного филолога-литературоведа и лингвиста-германиста (впоследствии академика) В. М. Жирмунского. Когда в начале войны ученый был арестован как «немецкий шпион» за многолетнюю переписку с немецкими лингвистами и занятия языком и фольклором немцев-колонистов, Г. П. Макогоненко, воспользовавшись прямым телефоном, позвонил из Радиокомитета высшему начальству НКВД, объяснил значение трудов Жирмунского и дал ему характеристику как деятеля отечественной науки и патриота. Жирмунский вскоре был освобожден. Георгий Пантелеймонович говорил: «Никогда, даже в безнадежной на первый взгляд ситуации, нельзя опускать руки, ослаблять усилий. Будем бороться, а что получится, будет видно».
Многие ученые, пользовавшиеся высоким авторитетом в научной среде, ценили Макогоненко как знатока литературы и исследователя (П. Н. Берков, Г. А. Бялый и др.). На Ю. М. Лотмана Г. П. Макогоненко обратил внимание, когда будущий ученый, в то время тринадцатилетний школьник, по собственной инициативе посещал лекции по античной истории. Георгий Пантелеймонович любил вспоминать о том, как он снисходительно заговорил с этим необычным посетителем факультета и был поражен его эрудицией. Впоследствии эти два исследователя литературы XVIII–XIX веков нередко спорили на научные темы, но неизменно проявляли взаимную симпатию и уважение друг к другу.