Увлечение античной историей и литературой у Юры не кончалось до самого поступления в университет. Когда я уже училась на втором курсе университета, а Ляля в старшем классе школы, Юре, которому было 14 лет, сняли комнату в Красном Валу, 18 км от Луги. Там он вынужден был жить в полном уединении и питаться молоком, которое мама оплатила вперед. Он ходил по поселку с большой книгой «Метаморфозы», на обложке которой было написано золотыми буквами «Овидий». Местные мальчишки прозвали этого загадочного мальчика Овидием, не предполагая, насколько это прозвище соответствует его вынужденному и уединенному житью на лоне природы.
Наряду с увлечением историей у Юры очень рано стал формироваться интерес к естествознанию, биологии, особенно энтомологии. Он читал популярные книги, а впоследствии и научные исследования по этим предметам. Особый интерес у него вызывала систематизация разных видов животных. Можно предположить, что здесь уже сказывалась его тенденция к приведению в единую систему большого количества разнообразных фактов и явлений. Вместе с тем, его интерес к зоологии носил характер своего рода заступничества. Он, как сказал Мандельштам о Ламарке, был «за честь природы фехтовальщик». Десяти или одиннадцати лет в пионерском лагере он горячо доказывал ребятам, что в природе все гармонично и ничего отвратительного и низкого нет. В доказательство он брал лягушку в рот. Сестра Ляля, которая была пионервожатой у малышей в том же лагере, с ужасом наблюдала, как мальчишки несут куда-то змею на палочке. На вопрос: «Куда вы ее тащите?», неизменно следовал ответ: «К Лотману!». Змею несли к нему на экспертизу: он мог ответить, что это за змея, и опасна ли она для человека. Особенную симпатию Юра испытывал к насекомым, малым мира сего. Уже в пожилом возрасте он говорил мне о насекомых как об огромном ни с чем не сравнимом мире разнообразия и красоты. Наш отец в письме ко мне в Нижний Новгород, где я была в фольклорной экспедиции, писал с присущим ему юмором: «Дети в пионерлагере. Был у них. Там хорошо так, что даже Юрик желает остаться еще на месяц. Ляля возмужала и похорошела. Юрик юннатствует по жукам: клопы и блохи не входят в его коллекцию». Хотя Юра не стал биологом, он всю жизнь испытывал интерес к биологической науке, любил животных, особенно свою собаку, за жизнью и повадками которой он внимательно наблюдал.
Поступив на филологический факультет Ленинградского университета, Юра стал заниматься сознательно и упорно. Он был посвящен в интересы филологических студентов и сразу оценил высокие достоинства преподавателей, которые читали лекции и вели семинары уже на первых курсах: М. К. Азадовский (курс фольклора), В. Я. Пропп (семинар по русскому фольклору, спецкурс по волшебной сказке), Г. А. Гуковский (курс «Введение в литературоведение»). Тогда уже некоторые преподаватели университета заметили Юру. Гуковский, со свойственной ему горячностью заявивший как-то, что нет у нас ученого, который смог бы достаточно глубоко анализировать творчество Баратынского, задумчиво добавил: «Впрочем, на экзамене мне отвечал мальчик — разбирал „Осень“ Баратынского — он, пожалуй, сможет». Речь шла о восемнадцатилетнем Юре. Пропп, встретив Юру в университете после войны, обратился к нему в коридоре: «Постойте, Вы брат Лиды Лотман… Нет, Вы сами Лотман!». Этот оригинальный комплимент Юрий Михайлович запомнил на всю жизнь, он составлял предмет его гордости. В семинаре Проппа Юра сделал свой первый доклад. В университете Юра познакомился с доцентом Николаем Ивановичем Мордовченко, исследователем творчества Белинского, журналистики и литературы первой половины XIX века. Н. И. Мордовченко, человек исключительного обаяния, чем-то напоминавший друга Пушкина А. А. Дельвига, был для Юры образцом ученого — безукоризненно порядочного, предельно строгого к себе. К сожалению, Николай Иванович умер 47 лет, не успев осуществить многих своих замыслов.