Гонения на ученых в пору «антикосмолитической кампании» вызывали разную реакцию среди сослуживцев. Были такие сотрудники, которые находили для себя какую-то выгоду в том, что ряды их «конкурентов» поредеют, но очень многие сожалели об этом преследовании честных и умных товарищей. Спорить с наветами было небезопасно, но были люди, готовые преодолеть запреты, выразить в какой-то форме свое отношение к шельмованию ученых. На торжественном заседании по разоблачению «инокомыслящих» заслуженный и уважаемый историк-архивист В. В. Данилов в полной военной форме под руку проводил и посадил рядом с собой в зале сотрудницу архива Беллу Наумовну Капелюш, которой была предназначена роль «разоблачаемой» жертвы. Она оказалась как бы под защитой его авторитета. Смелость проявил и Николай Иванович Мордовченко, защитивший Гуковского и своей объективной, взвешенной речью снявший накал нападок на ученого. В то же время старейшие ученые — В. А. Десницкий и Н. К. Пиксанов — не остановились перед тем, чтобы обрушиться на гонимого Гуковского, которому грозил арест, с резкой критикой его «вредных» позиций. Пиксанов напал на своих давних оппонентов Гуковского, Мордовченко и В. Н. Орлова, воспользовавшись удобным случаем для доказательства своей правоты и «порочности» их позиции. При этом он «не заметил», что администрация вовсе не намечала Мордовченко и Орлова в качестве мишеней для разгромной критики. Он, будучи человеком предреволюционной эпохи, не понял сути развязанной кампании и говорил о спорных вопросах науки. Поняв после заседания, что выступил «не по теме», Пиксанов пришел на следующий день к Н. И. Мордовченко и принес пол литра водки для примирения. Они выпили вместе. Через несколько дней я посетила Н. И., и он мне рассказывал об этом. Я с негодованием воскликнула: «Зачем вы с ним пили водку?!». Н. И. посмотрел на меня растерянно и ответил, разводя руками: «А водку куда девать?.. И потом… старик взобрался ко мне на четвертый этаж. Раскаянье все же какое-то было у него». Тут Н. И. проявил свое понимание научной этики, в основе которой лежит взаимное уважение и гуманность.
Н. И. относился с уважением и к своим ученикам. Он приглашал их домой, причем часто его посещали не только выдающиеся, но и очень плохо подготовленные студенты. Он их обучал и был уверен, что их можно просветить, он хотел внушить им основы культуры.
Н. И. много занимался критикой, в частности, творчеством В. Г. Белинского. Думается, что его увлечение жанром критики определяется тем, что он видел в ней проявление процесса выработки просветительского, учительского содержания в русской литературе. Это направление научной мысли сблизило с ним Ю. М. Лотмана, который также занимался проблемой воздействия общественной мысли на художественную литературу. Впоследствии Ю. М. писал: «В трудах Н. И. Мордовченко история журналистики и критики — в конечном счете история общественных идей — представала как своеобразная ткань, в которой различные линии, сложно переплетаясь друг с другом, образовывали целостное лицо эпохи, литературного направления, группы»