В первой части своей «Истории…» автор описал территорию Кремля. В 1901–1902 гг. восьмидесятилетний историк продолжал работать над историей города, над историей посада. Рукописи содержат интереснейшие наблюдения о складывании московского посада, большой фактический материал, собранный автором. Несмотря на незавершенность труда, Забелин предполагал опубликовать его и наказывал в завещании своей дочери Марии Ивановне исполнить это. Работа подготовлена к изданию сотрудниками Отдела письменных источников Государственного Исторического музея (ОПИ ГИМ (Отдел письменных источников Государственного Исторического музея)) и ждет своего часа[34].
Дневники и записные книжки наряду с научными трудами свидетельствуют о добросовестности в работе, самостоятельности научных взглядов Забелина. Исходя из своего отношения к труду, методам исследования, автор подвергал критике современную науку, отдельных ученых и их произведения. По его мнению, ученых больше занимает публицистика, они коверкают факты в угоду модному направлению, после защиты диссертаций размениваются «на мелкую монету журнальных статей». К науке Забелин относился как к святилищу, храму, «ценил науку так высоко, что стыдился выйти к ней с неумытым рылом, какой-нибудь статейкой необработанной».
В 70-е годы XIX века началась история российского Исторического музея, который стал для Забелина основным местом и смыслом жизни до последних дней. В конце апреля 1871 г. «утром, в четверг приезжает граф Уваров за советом», записал в дневнике Забелин. Далее идет речь об организации отделов Политехнической выставки, устраиваемой в честь 200-летия со дня рождения Петра Великого. Граф Алексей Сергеевич Уваров и Забелин были знакомы давно. В дневнике Забелина впервые упоминается Уваров в связи с проведением Археологического съезда в Москве в 1869 г. Связаны они были работой по Императорскому археологическому обществу, Археологической комиссии, Московскому археологическому обществу. Забелин по приглашению Уварова читал лекции в Обществе любителей художеств. Уваров стремился развить в обществе интерес и любовь к отечеству, понимание его истории, которая должна вызывать гордость в каждом россиянине. Еще в 60-е годы он высказал идею о необходимости создания хранилища исторической памяти, в котором можно было наглядно представить историю, религию, искусство, образ жизни народов России. Идея получила отклик в 1872 г. в ходе организации Политехнической выставки. 9 февраля того же года последовало высочайшее соизволение на устройство в Москве музея имени государя наследника цесаревича Александра Александровича (будущего Александра III). 3 января 1873 г. были одобрены общие основания для устройства музея и утверждены: почетный председатель — наследник престола великий князь Александр Александрович, председатель управления — А.А. Зеленой, товарищи председателя управления — А.С. Уваров и Н.И. Чепелевский.