В 80-х годах Забелин активно участвовал в работах комиссий по реставрации древних памятников — возобновлению иконостаса и росписи Успенского собора, росписи Благовещенского собора в Москве, реставрации Успенского собора во Владимире. Он твердо держался своей позиции сохранения в первозданности древних памятников. Об этом свидетельствует письмо обер-прокурору Синода К.П. Победоносцеву, в котором Забелин протестует против обновления киота Чудотворной Владимирской Богоматери, сделанного в 1514 г., но достаточно хорошо сохранившегося: «Уже то, что дереву 350 лет делает его редчайшим деревянным памятником». Когда же ученый узнал, что по указанию Святейшего Синода иконы иконостаса хотят «превратить в двери, чтобы по желанию отворялись для показа фресок», он отказался от дальнейшей работы в Археологической комиссии: «Для археологического сердца и для кровного убеждения, что всякая святыня должна быть неприкосновенна, все эти обстоятельства — истинная пытка»[32].
Знание московской старины, авторитет ученого позволили Забелину стать официальным историографом Москвы. В 1880 г. Московская городская Дума пригласила Забелина руководить созданием научного описания истории Москвы. В письме П.М. Щепкину, принимая предложение, Забелин подчеркивал: «Берусь за дело не из нужды, но по любви к предмету»[33]. В «Московских ведомостях» и «Известиях» городской Думы Забелин напечатал «Предполагаемые задачи историко-археологического и статистического описания Москвы». В 1884 и 1891 годах были изданы «Материалы для истории, археологии и статистики города Москвы», в которых помещалось огромное количество новых исторических данных. В 1902 г. вышла первая часть книги «История города Москвы», получившая признание публики и золотую медаль Московского археологического общества. В дневниках Забелина читатель прочтет о планах работы, организации ее в архивах, найдет размышления о Москве как о центре объединения земель и «преодоления славянской розни» — основе политики московских князей, о роли народа в процессе объединения страны. Происходившее в прошлом историк предлагал судить с позиции непосредственно описываемого времени, «не прикидывая современной мерки» к деяниям средневековья. Полемизируя с историками, обвинявшими Москву в деспотизме, коварстве, хитрости, Забелин обращался к старинной литературной форме — разговору в царстве мертвых, где встречаются Иван Грозный, Карамзин, Костомаров, Соловьев. Историю улиц, домов, дворцов автор тесно увязывал с образом жизни горожан, политической историей государства. Местоположение города, его хозяйство, князья, цари, постройки, обычаи и нравы выражают в общей совокупности идею государственности, — считал ученый.