На трон посадили его брата Аголи-Агбо, который усердно угождал французам и сделался самой жалкой фигурой в галерее дагомейских правителей. Его власть продолжалась недолго. Уже в 1900 г. он был лишен своего сана, и страна превратилась во французскую колонию. С 1904 г. Дагомеей управлял генеральный губернатор Французской Западной Африки с помощью наместника, резиденция которого находилась в Порто-Ново.
Однако французским колонизаторам всегда было нелегко в Дагомее. Среди состоятельных слоев населения у них еще были союзники, но жители северных районов не примирились с французским управлением и бунтовали против сбора налогов и воинской повинности. Самое крупное восстание произошло в этом районе страны в конце первой мировой войны, когда бариба и натемба воспользовались ситуацией, возникшей после отхода части французских войск в германский протекторат Того. Война здесь продолжалась несколько месяцев, и французы понесли тяжелые потери. В конце концов верх взяла европейская техника. Главари восстания были казнены, а с мятежными народами расправилась французская армия.
Борьба против колонизаторов продолжалась и после окончания первой мировой войны. Уже в 1923 г. французские части использовали оружие против демонстрантов в Порто-Ново. Теперь речь шла не о восстании народов, а о растущем демократическом движении с разработанной антиимпериалистической программой, в которой молодой и еще немногочисленный рабочий класс выдвинул свои социальные требования. Эта борьба достигла высшего напряжения после второй мировой войны и привела к автономии в 1958 г., к провозглашению независимости 1 августа 1960 г.
Но и Республика Дагомея не избежала острых политических конфликтов, которые явились результатом различных точек зрения на развитие общества, социальное неравенство, отсталость и племенную вражду. На политической сцене появлялись и сразу же исчезали политические партии, уступая место другим. Приходили и уходили правители, президенты.
Первым президентом стал сорокачетырехлетний учитель Юбер Мага. Начало его политической деятельности относится к 1948 г., а в 1952–1957 гг. он избирался председателем партии Дагомейского демократического объединения и депутатом французского парламента. В мае 1959 г. он стал председателем правительства дагомейской автономной республики, а в 1960 г. — президентом уже независимой Дагомеи. Мага первым в цепи дагомейских президентов почувствовал вкус власти и испытал горечь поражений. Он подавил оппозицию, обвинил ее вождей в заговоре против государства и заключил их в тюрьму. Прежде всего он заботился об укреплении своей власти, а экономические вопросы оставлял без внимания. Стремление к внешнему личному блеску оказалось для него роковым. Средства, предназначенные на развитие сельского хозяйства, он все пустил на строительство президентского дворца. Этим воспользовалась оппозиция в столице и организовала мощные демонстрации протеста. Мага был вынужден в октябре 1963 г. уйти в отставку, правительство возглавил полковник Согло, бывший офицер французской армии. Во время своей службы в Индонезии он получил звание майора. Согло доказал не только Маге, но и всем последующим президентам, что без поддержки армии на президентском троне они не продержатся и часа. Он распустил все политические партии и организации, запретил собрания и демонстрации, объявил амнистию лицам, которых Мага арестовал, самого Магу обвинил в измене родине. Так свершился первый военный переворот в Дагомее, но он был далеко не последним. До 1972 г. их было девять, и в этом Дагомее принадлежит первенство среди африканских государств.