Продвинувшись всего на сорок пять миль к северу и захватив богатства Кира в Пасаргадах, Александр вернулся в Персеполь, который вскоре был подожжен. Согласно одним источникам, это разрушение считается преднамеренным, другим — случайным. Флавий Арриан, основывающий свои сведения на описании этого события, оставленном историком Александра Аристобулом, категорически утверждает, что Александр велел сжечь дворец, чтобы наказать персов за их злодеяния во время захвата Греции, а именно за сожжение храмов и убийство эллинов.
Затем Александр повернул на север, потом на восток, преследуя Дария III. Однако Александр нашел лишь останки Дария: последний был убит своей собственной свитой. Тело Дария отправили обратно в Персеполь. Он был похоронен в царском склепе. Александр же двинулся в сторону восходящего солнца в свое фантастическое путешествие, приведшее его в загадочную Индию. Александр стремился достичь «конца света»! Но его воины не захотели продолжать этот полный риска и опасностей поход. После долгих месяцев лишений он вновь вернулся в Сузы, чтобы дать отдых своему измученному войску. По возвращении Александр посетил гробницу Кира и обнаружил, что со времени его первого посещения она была вскрыта и разграблена. Арриан подробно описывает это событие, утверждая, что по приказу Александра гробница была восстановлена, а дверь ее покрыта глиной, на которой царь поставил свою печать как гарантию того, что все должно оставаться неприкосновенным. Тот же самый историк по прошествии длительного времени, касаясь этих событий, сообщает, что гробница находилась в парке, орошаемом каналами, окруженном деревьями и лугами с сочной травой. Сама усыпальница, представляющая собой прямоугольное сооружение с каменной крышей, возвышалась на платформе из камня. Все эти детали полностью соответствуют памятнику, дошедшему до наших дней.
Хотя гибель Персеполя ознаменовала конец Ахеменидской державы, его поджог оказал определенную услугу грядущим поколениям. Рельефы и развалины дворцов, несомненно, сохранились сравнительно хорошо. В противном случае камни пошли бы в качестве строительного материала для различных сооружений после дующих веков.