Чтобы взять крепость штурмом, арабам нужно было форсировать реки с отвесными берегами и преодолеть мощные стены третьей линии обороны. Подвезти и использовать военную технику — катапульты, баллисты, тараны — они не могли: склоны Иверской горы были слишком крутыми. Все их попытки захватить крепость были безуспешными. Тогда арабы решили взять защитников крепости измором. И это не помогло. Мужественные абхазские и грузинские воины, несмотря на голод и лишения, почти шесть месяцев отбивали атаки и штурмы численно превосходившего неприятеля.
Во вражеском лагере вспыхнула чума, началась паника, и защитники крепости, воспользовавшись этим, перешли в наступление. Арабские войска дрогнули и отступили. «Непобедимый» полководец Мурван ибн-Мухаммед вынужден был уйти из Абхазии, понеся огромные потери. На подступах к Анакопийской крепости арабы потеряли до 40 тысяч человек: 35 тысяч скосила чума, а остальные погибли в бою. После этого сокрушительного поражения арабы никогда больше не вторгались в пределы Северо-Западной Абхазии.
В конце VIII века абхазский владетель Леон II, воспользовавшись внутренними смутами в Византии, объявил себя независимым царем абхазским. При нем Анакопия стала столицей Абхазского царства и оставалась ею до перенесения царской резиденции в город Кутаиси.
Смерть бездетного абхазского царя Феодосия Слепого в 982 году оборвала почти двухсотлетнюю династию абхазских царей. Но уже в 980 году власть перешла в руки Баграта III, сына сестры Феодосия, Гурандухты, в основном завершившего объединение разрозненных грузинских земель.
Начало царствования грузинского царя Баграта IV (1027–1072) было отмечено смутами. Его младший брат Дмитрий поднял восстание и завладел Анакопией, но, опасаясь гнева Баграта, вскоре бежал в Константинополь, а город сдал византийцам. Занятый войной с тбилисским эмиром, Баграт IV не смог сразу же вернуть утерянную область, и Анакопия в течение сорока с лишним лет (1032–1073) оставалась в руках византийцев. Они восстановили храм, построили несколько сооружений, о чем свидетельствуют надписи на греческом языке, обнаруженные в Новом Афоне еще в конце XIX века.
Освобождение Анакопии от византийского владычества Георгием II, сыном и преемником Баграта IV, отмечается в грузинской летописи как важное событие истории абхазского народа.
После объединения Грузии Анакопия превратилась в один из крупнейших приморских центров. Территория Диаконии расширялась и застраивалась. Оборонительные сооружения совершенствовались — возводились дополнительные укрепления. Черта города подошла к самому морю, где была построена удобная гавань. Город был обнесен новой оборонительной стеной, ныне почти разрушенной морским прибоем. Эта линия обороны, называемая береговой, проходила, по всей вероятности, вдоль морского берега с юга на северо-запад. Сейчас в центре Нового Афона у пристани можно увидеть остатки Псырцхинской башни, неправильно называемой Генуэзской. В атласе Дюбуа де Монперэ эта башня, так же как и две другие, которые во второй половине XIX века еще были целы, входят в систему береговых Псырцхинских укреплений. Псырцхинская башня была построена в XI–XIII веках для защиты города и порта со стороны моря, она контролировала путь вдоль всего побережья.