При расследовании случайно вскрылась и мирская жизнь Евдокии, и то, что в храмах Суздаля ее поминают «благочестивейшей великой государыней нашей, царицей и великой княгиней» (о существовании такого мирка в Суздале царь даже не подозревал, от него это тщательно скрывали почти 20 лет!). В 1718 году покатились расправы. Казнили Кикина, Лопухина, Досифея, Глебова, игуменью монастыря, нескольких монахинь. Евдокию по приговору церковного Собора били кнутом и отправили в заключение на Ладогу. Ее сын был осужден и умер в тюрьме после пыток. И все же возникает впечатление, что расследование и репрессии, невзирая на широкий размах, уничтожили не все ветви заговора, некоторые важные фигуры обошли стороной
Так, большое подозрение вызывает вице-канцлер Шафиров. Кикин, обеспечивавший побег, был тесно связан с ним. А посол в Вене Веселовский был его родственником (на родину он не вернулся, скрылся за границей). Между прочим, в 1708 году именно Шафиров вел дело Кочубея и Искры, выставив их клеветниками и выгородив Мазепу, а после этого к гетману-изменнику был послан Кикин, долго гостил у него. А после расследования побега царевича и приключений Евдокии казнили рядовых монахинь, но у суздальского епископа Игнатия (Смолы), поощрявшего все, что творилось в Покровском монастыре, нашлись неведомые заступники. Его привлекли к ответственности лишь в 1721 году и тут же амнистировали по поводу победы над шведами. Хотя он стал уже митрополитом Крутицким и Коломенским, и как раз в его время «хлысты» расплодились по Москве, угнездились в 8 монастырях. В общем, есть о чем призадуматься. Какие-то нити остались невскрытыми, замаскированными. Причем эти нити связывали между собой зарубежные державы, внутреннюю оппозицию и церковных сектантов!
А духовной сферой Петру пришлось заниматься самому – так же, как и политической, военной, административной. После смерти Адриана он прочил в патриархи понравившегося ему Стефана Яворского. Но встретил жесткую конфронтацию духовенства. В условиях войны церковный раскол был совсем некстати, и выборы патриарха отложили до лучших времен. Но сам Петр оставался глубоко верующим человеком. Например, поход на Неву в 1702 году он начал совершенно необычно для «просвещенного» XVIII века – царь со своими гвардейцами совершил паломничество в Соловецкий монастырь, получил благословение у прозорливого старца Иова (у которого бывал и раньше). Вместе с монахами и солдатами он построил церковь на Заячьем острове – и после этого выступил возвращать России её древние земли на Неве.