Больница должна была одновременно принимать до двухсот больных и их родственников. Размеры купленного участка позволяли по желанию расширить больничный городок. Предстояло выкопать колодцы, чтобы обеспечить его достаточным количеством свежей воды: чистая вода — одна из самых серьезных проблем в деревнях девственного леса.
Много сил отняла расчистка участка под стройку. В девственном лесу не было тяглового скота, тем более машин; всю работу по корчеванию пней предстояло выполнить людям. В эти дни, когда Швейцер был занят самой что ни на есть трудоемкой работой, он получил приятную весть: «Я как раз руководил рабочими, занятыми валкой деревьев, когда мне принесли весть, что философский факультет Пражского университета присвоил мне звание почетного доктора».
Сразу же после сезона дождей, когда уже был готов бетонный фундамент, началось возведение строений. Все трудились от зари до зари, а после наступления потемок работали при свете ламп. Швейцеру пришлось самому руководить стройкой. Только он один обладал достаточным авторитетом, чтобы заставить постоянно меняющихся рабочих доводить дело до конца.
В те месяцы, когда шла стройка, Швейцер вынужден был передоверить лечение пациентов, которое продолжалось в старой больнице, своим коллегам Нессману и Лаутербургу, а позже — и доктору Тренсу, приехавшему на смену Нессману. В постоянно переполненной больнице, где порой одновременно бывало от ста до ста шестидесяти пациентов, персоналу приходилось очень тяжело. С каждой неделей к тому же росло число амбулаторных больных. Часто операции производились поздно ночью, при свете керосиновой лампы. И Швейцеру иногда еще приходилось ассистировать тому или другому коллеге.
Построив новую больницу, одновременно расчистили большой участок для огорода и фруктового сада. После завершения строительства больницы надлежало заняться плантациями. Предполагали возделывать здесь культуры, обеспечивающие пропитание местного населения, прежде всего бананы и маниоку, а также оливы и манго — культуры отнюдь не экваториально-африканского происхождения, а завезенные сюда в свое время по преимуществу с Карибских островов.
К 21 января 1927 года строительство новой больницы уже настолько продвинулось вперед, что можно было начать переселение больных из старого здания. Уже стояли прочные, устойчивые строения. Крыши на них сделали из рифленого железа, а не из пальмовых листьев, сквозь которые протекал дождь. Окна и двери затянули тонкой металлической сеткой, и насекомые, прежде всего москиты, не могли больше докучать больным. Швейцер радовался, что наконец осуществилась его давнишняя мечта. Пациенты горячо благодарили его за новую больницу, и это было для него лучшей наградой: «Когда в тот вечер я совершал обход в больнице, от всех очагов, из-под всех москитных сетей ко мне неслись возгласы: „Хорошая хижина, доктор! Очень хорошая хижина!“ Впервые за все время моей работы в Африке мои больные были размещены в условиях, достойных человека».