В церкви помимо него служили еще два священника. Швейцер впоследствии рассказывал, что ему нравилось читать проповеди, и двое других священников, уже в весьма преклонных годах, все чаще уступали кафедру своему молодому собрату. Как помощник священника Швейцер получал 100 марок жалованья, и ему, приученному с детства к бережливости, вполне хватало этой суммы на месяц. В этот относительно беззаботный период своей жизни всякий раз, когда выдавалось свободное воскресенье, он уезжал к родителям в свой любимый Гюнсбах, в долине Мюнстера. Здесь он охотно подменял отца на церковной кафедре и служил обедню, к удовольствию прихожан, многие из которых хорошо помнили «бледного мальчугана», каким Швейцер был в детстве.
Поскольку во время весенних и осенних каникул занятия с конфирмантами отменялись, Швейцер с разрешения обоих священников церкви св. Николая находил себе заместителя для чтения проповедей, благодаря чему мог три месяца в год использовать по своему усмотрению. После пасхи он уезжал на месяц в Париж, где продолжал музыкальные занятия с Видором. Два осенних месяца он обычно проводил в родительском доме. Здесь он мог спокойно заниматься своей исследовательской работой по проблемам тайной вечери и жития Иисуса.
Парижское «Общество изучения иностранных языков» предложило Швейцеру прочитать цикл лекций о немецкой литературе и философии. Он охотно принял это предложение, тема лекций его привлекала: она давала eму повод углубиться в более серьезные исследования философии культуры.
В последующие годы он выступал с лекциями о Шопенгауэре, Герхарде Гауптмане, Зудермане, а также о «Фаусте» Гете. В августе 1900 года, когда он поехал в Париж, чтобы прочитать там лекцию о Ницше, пришла весть о том, что смерть наконец избавила философа от его страданий. Запланированная лекция, таким образом, превратилась в надгробную речь. Этот эпизод в жизни Швейцера особенно примечателен потому, что впоследствии, в своей «Культуре и этике», он выступал противником Ницше.
В том же, 1900 году жена старшего брата его отца попросила Альберта Швейцера проводить ее в Обераммергау на представление «Страстей». Необычайность естественных декораций — тамошних гор — произвела на Швейцера несравненно большее впечатление, чем сам спектакль. Насладиться представлением ему мешали «излишняя театральность, несовершенство текста и банальность музыки».
И в последующие годы, когда у него оставались деньги, Швейцер ездил в Байрёйт на тамошние представления. Как и прежде, его пленяла музыка Вагнера. Когда в начале ХХ века в Страсбург приехала Козима Вагнер, ее внимание сразу привлек молодой философ и теолог. Ей рассказали, что он большой поклонник Вагнера, но преимущественно занимается музыкой Иоганна Себастьяна Баха. Козиму крайне заинтересовало утверждение Швейцера, будто музыка Баха «живописна», и она попросила его тут же продемонстрировать ей на органе справедливость этих слов. Знакомство это ввело Швейцера в семью Вагнера. С сыном Рихарда Вагнера, Зигфридом, у него даже завязалось что-то вроде дружбы. Он ценил простоту и скромность Зигфрида, а его творчество — сын Вагнера тоже был композитором — находил «поистине значительным и прекрасным».