Швейцер взялся за статью, однако к концу осенних каникул, как напряженно он ни трудился, успел лишь завершить предварительную работу. Ему уже было ясно, что статья разрастется в книгу о творчестве Баха.
Удивительно, но факт, что занятый трудоемкими, кропотливыми исследованиями жизнеописаний Христа, своей преподавательской работой в университете, исполнительской деятельностью в баховском хоре при церкви св. Вильгельма, чтением лекций в Париже по литературе и философии и связанный обязательствами, как, например, выступления с органными концертами, Швейцер тем не менее нашел и время и силы, чтобы написать книгу об Иоганне Себастьяне Бахе. Главное внимание в ней он старался уделить объяснению самой сущности музыки Баха, а также наиболее подходящему способу исполнения этой музыки. Биографические и исторические моменты Швейцер предполагал изложить во Введении к книге. Он говорил: «Подобно всякому, кто пишет об искусстве, я почувствовал, как трудно облечь в слова художественные оценки и впечатления. Рассуждать об искусстве все равно что изъясняться параболами».
Два года длилась работа над книгой. Она была написана по-французски. И хотя иногда у Швейцера возникала тревога, что он взялся за непосильный труд, мысль о том, что только эта книга и сделает кантора церкви св. Фомы и его музыку известными широким кругам французов, вдохновляла его. Ведь в Германии «баховедение» и без того было чрезвычайно распространено.
Книга эта вышла в свет в 1905 году под названием «И. С. Бах, музыкант и поэт». Швейцер посвятил ее жене своего дяди Матильде Швейцер, которая в 1893 году познакомила его с Видором. Тогда Швейцер еще не предполагал, что вскоре после выхода в свет этой книги ему придется вновь обратиться к той же рукописи, чтобы на этот раз переписать ее по-немецки. Баховеды сразу поняли, что нашелся наконец человек, сумевший сказать свежее слово о Бахе.
Как своего рода «побочный продукт» книги о Бахе возникло исследование об органостроении. Это исследование Швейцер завершил осенью 1905 года и опубликовал в 1906 году под названием «Немецкое и французское искусство органостроения и органное искусство».
В ту пору Швейцер уже считался признанным мастером игры на органе, однако появление этой книги свидетельствует о том, что у него был особый интерес к органостроению. Этот интерес пробудил у Швейцера еще в детстве его дед Шиллингер, который, как известно, весь свой век увлекался оргáнами и их конструированием.
Подобно деду, Швейцер по приезде в любой город никогда не упускал возможности осмотреть местные инструменты. Он скоро пришел к выводу, что расцвет органостроения приходится на период между 1850 и 1880 годами. Конструкторы органов воспользовались развитием техники, чтобы создать тот идеальный инструмент, появление которого подготовили Зильберман, а также другие замечательные мастера XVIII века.