В начале 1904 года закончилась его ссылка в Вологде. Вскоре Богданов вместе с женой уехал из России в Швейцарию. В Женеве он познакомился с Лениным. Тот уже был заочно знаком с Богдановым: он слышал о нем, читал его работы и, как вспоминал сам Богданов, «горячо приветствовал» его «Краткий курс экономической науки». Действительно, мать Ленина передала ему книгу Богданова в Шушенское, где будущий «вождь пролетариата» находился тогда в ссылке.
В 4-м номере журнала «Мир Божий» за 1898 год появился его отклик на богдановский «Краткий курс»: Ленин назвал его «замечательным явлением в нашей экономической литературе» и хвалил книгу за «полную выдержанность направления от первой до последней страницы книги». Подразумевалось, естественно, марксистское направление. Пожалуй, это был первый случай, когда 28-летний Ульянов (Ленин) заметил 24-летнего Малиновского (Богданова). Кто бы тогда знал, как потом будут складываться их отношения…
Понравилась Ленину и вторая книга Богданова — «Основные элементы исторического воззрения на природу», вышедшая в 1899 году. Он даже думал, что под псевдонимом «Богданов» скрывается сам Георгий Плеханов — один из основоположников русской социал-демократии.
При непосредственном знакомстве они подарили друг другу свои очередные работы. Богданов Ленину — первую часть своего главного философского труда «Эмпириомонизм», которая была напечатана в том же 1904 году (вторая часть появится в 1906 году). В этой работе Богданов пытался обосновать новую теорию познания мира в эпоху научных открытий и «разрушения всяческих фетишей». По Богданову, философские представления о материи и сознании уже устарели, а представление об окружающем мире человечество получает в результате коллективного опыта.
Ленин, подаривший Богданову свою брошюру «Шаг вперед — два шага назад», тогда еще «Эмпириомонизма» не читал. А вот Плеханов и другие марксисты уже успели довольно жестко покритиковать его за отступление от марксистской философии и «философский идеализм». Позже именно 1904 год Богданов назовет началом его «отлучения от марксизма». Ленин, прочитав «Эмпириомонизм», сказал Богданову, что считает правильными взгляды Плеханова, а не его. Но пока их разногласия оставались чисто теоретическими. Появление Богданова в эмиграции стало серьезным подкреплением для большевиков.
Надежда Крупская отмечала в своих «Воспоминаниях о Ленине», что начало 1904 года в Женеве было «периодом безысходной склоки». Ленин боролся с Плехановым (своим недавним учителем) и Юлием Мартовым (своим недавним товарищем). Меньшевики, по признанию Крупской, «имели успех у заграничной публики». Обсуждения партийных вопросов не раз превращались в скандалы и ругань. Однажды Ленин, задумавшись, вероятно, о партийных проблемах, врезался на велосипеде в трамвай и чуть не выбил себе глаз. На дискуссии с меньшевиками он ходил бледный и перевязанный.