Богданов не курил (в среде революционеров это было редкостью), не пил и вел очень организованный образ жизни. Восемь часов в сутки он обязательно работал, не меньше времени — читал. Причем он мог прочитывать до 100 страниц в час. Еще о Богданове вспоминали, что он мог в уме быстро умножать многозначные числа и извлекать из них квадратные корни.
Постепенно в Вологде собрался такой состав ссыльных, что ее шутя начали называть «северными Афинами»: философ Николай Бердяев, Анатолий Луначарский, писатель Михаил Ремезов, знаменитый эсер-боевик, в будущем писатель, поэт и один из главных врагов советской власти Борис Савинков, член «Союза борьбы за освобождение рабочего класса», в который входил и молодой Ленин, впоследствии известный пушкинист Петр Щеголев и многие другие. Ничего удивительного, что при таком «ссыльном контингенте» в Вологде кипела бурная духовная жизнь. Ссыльные интеллектуалы готовили доклады («рефераты»), читали их и яростно спорили по каждому из них. Как вспоминал Богданов, сначала он в основном дискутировал с Бердяевым по вопросам философии, но потом, по его словам, «влияние Бердяева в колонии свелось на нет, а отношение к нему со стороны социал-демократов было вообще ироническое. Он перестал выступать и, до срока ссылки, воспользовавшись своими связями, уехал. Философские интересы в это время уже начали заметно тускнеть, завязалась политическая полемика в колонии с эсерами».
Бердяев в своей биографии «Самопознание» так вспоминал о Богданове: «А. Богданов был очень хороший человек, очень искренний и беззаветно преданный идее, но по типу своему совершенно мне чуждый. В то время меня уже считали «идеалистом», проникнутым метафизическими исканиями. Для А. Богданова это было совершенно ненормально. По первоначальной своей специальности он был психиатр. Он вначале часто ходил ко мне. Я заметил, что он мне систематически задает непонятные вопросы, как я себя чувствую по утрам, каков сон, какова моя реакция на то или иное и тому подобное. Выяснилось, что склонность к идеализму и метафизике он считает признаком начинающегося психического расстройства, и хотел определить, как это далеко у меня зашло».
В Вологде у Богданова появилось еще одно увлечение: он разглядывал в подзорную трубу звезды. За что и получил от своих «коллег» по ссылке еще одну кличку — «Астроном».
Пока Богданов сидел в ссылках, в русской социал-демократии происходили поистине исторические события. В 1898 году девять делегатов от различных кружков провели в Минске первый съезд Российской социал-демократической рабочей партии. В 1903 году на II съезде РСДРП в Брюсселе и Лондоне партия разделилась на «большевиков» и «меньшевиков». Богданов в автобиографии написал, что он «осенью 1903 года примкнул к большевикам».