В сентябре 1918 года, через несколько дней после покушения на Ленина и объявления политики «красного террора», журнал «Пролетарская культура» напечатал статью «Н. Ленин», написанную председателем Всероссийского совета Пролеткульта Павлом Лебедевым-Полянским. Он, в частности, писал: «Заслуги тов. Н. Ленина перед русской революцией неисчислимы. Как опытный капитан, с непоколебимой твердостью, железной волей, с полным сознанием каждого своего слова и действия, он вел красный корабль нашей революции к социализму… он всегда твердо держал в своих руках руль, не дрогнув ни разу во весь шторм, столь грозный в последние дни». Были в ней и такие строки о Ленине: «он был самым деловым человеком нашей революции» и «он жив, и пусть наши враги знают, что в борьбе с ними мы будем беспощадны».
Богданов выступил с некоторыми возражениями по ее содержанию. «Дорогие товарищи, передовицу «Н. Ленин» я прочитал, — отмечал он. — Вам ясно, что со многим в ней я, как антимаксималист, не могу быть согласен; но основную его [Ленина] характеристику как представителя деловой линии в коммунизме считаю правильной. Естественно, что я воздерживаюсь в голосовании.
Вне этого вопроса советовал бы выкинуть в конце фразу «пусть наши враги знают, что в борьбе с ними мы будем беспощадны». Я не хочу защищать контрреволюционеров; но не журналу культуры говорить эти слова, особенно в данный момент, когда они пахнут свежей кровью массовых расстрелов».
В письме экономисту Дмитрию Опарину 14 сентября 1919 года Богданов подчеркивал, что он не коммунист и «вне политики». Но дальше замечал, что считает «крушение коммунистической партии» «несчастием для России: она одна умела хоть сколько-нибудь вести революцию, одна способна провести и сносную контрреволюцию в истинном смысле этого слова, т[о] е[сть] восстановление порядка с сохранением основных экономических приобретений революции, как сделал когда-то бонапартизм для Франции…».
Двадцать второго ноября 1921 года Бухарин в опубликованной в «Правде» статье «К съезду пролеткультов» написал, что Богданов в революции защищал «меньшевистскую тактику». В открытом письме Бухарину, написанном в Лондоне 10 декабря 1921 года, Богданов возразил, что, хотя он и «разошелся с партией в важном теоретическом вопросе» о характере революции, он «понимал объективную необходимость ее политики» и поэтому отошел от политики, чтобы «не мешать нужному делу». И что высказанные им тогда мысли о том, что в России в 1917 году возник не социализм, а «осадный» или «военный» коммунизм, «теперь, кажется, почти перестали быть ересью»