Но неделя прошла, а его не выпускали. Тогда он написал еще одно письмо Дзержинскому: «Вы, я думаю, могли убедиться, что я объективно никогда не был врагом Советской власти, что я не был им субъективно, Вам может сказать каждый из наших общих старых товарищей, имевших общение со мною за это время, — писал он. — Ввиду всего этого, позволяю себе напомнить Вам тот момент нашего разговора, который заключал в себе определенное обещание с Вашей стороны, связанное с недельным сроком. Пишу это заявление ровно через неделю по окончании разговора; дойдет до Вас оно, разумеется, позже.
Я, конечно, понимаю, что в Вашем выражении был оттенок приблизительности (даже, помнится, слово «около»), и заранее извиняюсь, если беспокою Вас напрасно; Вы поймете мою невольную настойчивость. Всякое слово человека, занимающего Ваше социальное положение, вещь серьезная, и, если что-нибудь изменилось, если явились новые моменты в моем деле, они должны быть мне предъявлены.
В этом я позволяю себе всецело полагаться на Вас».
Агранов передал ему ответ Дзержинского — надо подождать еще. 11 октября 1923 года начальник 12-го отделения Секретного отдела ГПУ Славатинский подписал постановление о том, что дальнейшее содержание Богданова под стражей «не вызывается условиями следствия» и что он постановил: «Гражданина] Богданова-Малиновского из-под стражи освободить, а дело следствием продолжать».
Под конец еще произошел такой эпизод: в ночь на 13 октября ему приказали собирать вещи, заявив, что он будет освобожден утром. И… забыли о нем. Волнуясь, Богданов прождал до пяти часов вечера, но никто за ним не приходил. С чем это было связано — так и осталось точно неизвестным. Богданов считал, что над ним на прощанье решили «устроить маленькое издевательство». Около пяти часов вечера его все же выпустили на свободу. Правда, через два дня Агранов вызвал его и принес извинения. «На мой взгляд, роль ГПУ в этом деле пассивная», — считал Богданов.
«Я вышел из тюрьмы больным, тогда как утром, несмотря на бессонную ночь, был совершенно здоров», — признавался он.
Богданов оказался на свободе, но кампания против него не прекращалась. Он и сам начал принимать меры «самозащиты», как он это объяснял. 6 ноября он направил протест в Президиум Социалистической академии на заметку в журнале «Под знаменем марксизма». Анонимный автор под псевдонимом «Материалист» называл его «оппортунистом теоретически и ренегатом политически», указывая, что «лично он никакого отношения к рабочему классу не имеет». 7 ноября 1923 года, в день 6-й годовщины Октябрьской революции, в письме известному советскому и партийному деятелю Евгению Преображенскому Богданов расценил выступления против него как «подготовку дальнейшей расправы». «Любой агент ГПУ… будет считать своим коммунистическим долгом арестовать меня под каким бы то ни было предлогом», — отмечал он.