Лепешинский в «Огоньке» намекал на то, что Богданов мог совершить «замаскированное самоубийство», считая, что он мог поступить так же, как и герои его фантастических романов (инженер Мэнни из одноименного романа или тот же химик Фриде из «Праздника бессмертия»), которые «грешили иногда склонностью к ликвидации своей жизни в минуты уныния и тоски». Или вот герой его стихотворения «Марсианин, заброшенный на Землю» тоже размышлял:
И выбор тяжелый: уйти ли из жизни,
Где все оскорбляет мой взгляд,
С мечтою о дальней прекрасной отчизне,
Где братство и разум царят?
«Быть может, — писал Лепешинский, — и сам автор утопии сравнительно легко расценивал то благо, которое называется жизнью… И если стены института по переливанию крови стали свидетелями таинственной богдановской драмы, то это, может быть, объясняется тем, что наш «марсианин», увидевший своим просветленным оком новую красоту завтрашнего дня, не мог уже чувствовать себя по-мещански благополучным россиянином в этом старом мире».
Конечно, сложно спорить с тем, что в утопиях Богданов отразил свои личные переживания и мысли, но это, равно как и сложная обстановка в институте, еще на дает серьезных оснований говорить о его самоубийстве. И самый главный аргумент против этой версии состоит в том, что, если бы Богданов всерьез хотел свести счеты с жизнью, он бы выбрал какой угодно способ, но не обменное переливание крови. Так, в частности, потом считала и его вдова Наталья Богдановна. Он не стал бы своей гибелью бросать тень на идею переливания крови, которую вынашивал буквально всю жизнь и в которую так верил. Нет, сознательно пойти на это он не мог. Другое дело, что Богданов, конечно, рисковал, но это уже другой вопрос.
Была еще версия убийства. Ее вроде бы разделял и сын Богданова Александр Малиновский. Она состоит в том, что одна из сотрудниц института, врач Комисарук, якобы подлила в консервирующий раствор некий яд. Обычно говорят, что это был хлорат калия (бертолетова соль). Ходили слухи, что у постели Богданова потом даже нашли пузырек из-под этого препарата.
Комисарук одно время являлась секретарем партийной ячейки института. Репутация у нее была не очень хорошей — ранее ее подозревали в фальсификации результатов определения группы крови. Существует версия, что, будучи противником Богданова, она старалась таким образом сорвать работу института. Но убийство — это уже дело совсем другого калибра. Нужно было иметь очень веские основания, чтобы решиться на это, и уверенность в том, что тебя не разоблачат. Именно поэтому в версии об убийстве Богданова часто предполагается, что Комисарук действовала по указанию свыше и что трагедия с Богдановым была подготовлена то ли в ОГПУ, то ли даже в Кремле.