Пирогов добился права подчиняться непосредственно главнокомандующему и получил в полное свое распоряжение все перевязочные пункты и транспортные средства. Военный министр отправил было под сукно пироговскую докладную, но при дворе сочли, что отсутствие Пирогова в Севастополе "ощутительно". Государь с неудовольствием встречал в дворцовых переходах непочтительного профессора в ужасном длиннополом сюртуке взамен форменного мундира, не слишком новом и не слишком опрятном. Все почувствовали облегчение, когда он умчался обратно в Крым, перестал являться на аудиенции, неуступчивый, со своим резким голосом и невозможной откровенностью речи.
Пирогов смотрел в трубу на оставленный уже Севастополь. Нахимов до этого дня не дожил; 28 июня на Малаховой кургане поднялся во весь рост перед французской батареей: "Они сегодня довольно метко целят" — и упал, скошенный пулей. В записной книжке адмирала обнаружили среди прочих и такие пометки: "проверить аптеки", "чайники для раненых", "колодцы очистить и осмотреть", "лодку для Пирогова"…
Всю ночь уходила из Севастополя молчаливая русская армия. Разыгрался ветер. Плавучий мост качало, его захлестывали волны; под тяжестью повозок и орудий дощатые звенья моста, положенные на осмоленные бочки, внезапно погружались в море. Солдаты и матросы шли молча, не замечая, что промокли, что продрогли под порывистым северным ветром. Позади в ленивом мерцании багровых углей костром угасал Севастополь. Позади остались триста сорок девять дней героической обороны. "Надолго оставит в России великие следы эта эпопея Севастополя, которой героем был народ русский", — пророчил Лев Толстой. Крепко вцепившись, чтоб не смыло, в высокий борт санитарной фуры, последней из сестер проследовала по мосту Екатерина Бакунина…
Поток раненых катился на север. Пирогов встречал его в Симферополе. Пользуясь полученными в Петербурге полномочиями, он отобрал транспортировку раненых у интендантов и передал медикам. Он объявил войну "холодным и нежилым притонам" — путевым ночлежкам; от Симферополя до Перекопа устроил тринадцать этапных пунктов — там хозяйничали сестры: держали наготове медикаменты, белье, кипятили чай, готовили горячую пищу.
Осенью 1855 года в Симферополь прибыл Александр Второй. К государеву приезду во всякой команде и во всяком ведомстве белили фасады, прикрывали гирляндами дыры, до блеска ваксили драные сапоги, Пирогов писал из Крыма: "Государь хотел остаться всем довольным и остался…" Когда царь с многолюдной, шумно и весело, будто забыли про войну, переговаривающейся свитой появился в госпитале, Пирогов к нему не вышел: не о чем ему было говорить с царем. Все, что хотел, он уже сказал летом, в столице, прямо во дворце, призванный для аудиенции: сказал о героях — только смерть заставляет их сложить оружие, о безразличии и себялюбии титулованных командиров, сдавших Севастополь до начала его обороны, о преградах на пути всякого доброго дела, о воровстве, проевшем, как ржавчина, и громадный армейский склад, и маленький солдатский котелок. Царь сердился, тряс головой, не желал слушать: "Неправда! Неправда! Не может быть!" Пирогов озлился и, позабыв этикет, отрезал: