Нерешительность по-прежнему владела умами членов Адмиралтейств-коллегии.
Так было вплоть до летних маневров Балтийского флота в 1763 году.
Плохо проведенные маневры вызвали со стороны моряков резкое, причем публичное осуждение деятельности Адмиралтейств-коллегии. Поводом для этого послужило замечание, сделанное Екатериной Второй, присутствовавшей на маневрах. Моряки, сопровождавшие Екатерину, среди них Спиридов, произведенный за отличия в Семилетнюю войну в контр-адмиралы и назначенный главным командиром Кронштадтского порта, услышали оскорбительные слова, повторенные вскоре Екатериной в одном из ее писем: «У нас в излишестве кораблей и людей, но нет ни флота, ни моряков...»
Задетый огульным и облыжным обвинением, Спиридов, «не убоясь гнева и немилости», с достоинством ответил, что дело не в моряках на кораблях, а в тех, кто обязан заботиться о флоте, но предпочитает расходовать время и средства на постройку только складов и мест присутствия.
Намек на Адмиралтейств-коллегию, которая по-прежнему не уделяла нужного внимания кораблям и вместо забот о них занималась береговым строительством, был достаточно ясен и не остался без последствий. Тем более, что вице-адмирал Мордвинов поддержал Спиридова, напомнив о своих своевременных докладах с предложениями коренной реорганизации флота, нового штата кораблей, улучшения быта нижних чинов, перевода Адмиралтейства из Петербурга в Кронштадт, ближе к морю, наведения порядка в заготовках леса, необходимого для строительства кораблей. Пока что ни одно из этих предложений не было реализовано, хотя неотложность их не вызывала сомнений у моряков. В том числе предложения об условиях быта матросов:
«...Имея о вышних и нижних офицерах попечение, справедливо распространить оное и до самых матросов и других нижних чинов, и, сыскав отчего толь великое число оных ежегодно в комплект надобно бывает, и не теряются ли люди или излишним изнурением или наказательным небрежением, принять противу того так и к тому надежные меры, чтоб матросы и все нижние служители каждый в своем звании сведущи и научены были...»
Жизнь настоятельно требовала изменений в управлении флотом, и поэтому состав Адмиралтейств-коллегии был обновлен. К руководству пришли подлинные моряки-патриоты, в числе их Спиридов. Вместе с Мордвиновым, Чернышевым и Милославским он был включен и в учрежденную специальным указом 17 ноября 1763 года «Морскую Российских флотов и адмиралтейского правления комиссию для приведения оной знатной части [флота] к обороне государства в настоящий постоянный добрый порядок». Задачи комиссии определялись теми же соображениями, которые Мордвинов и Спиридов представляли двумя годами ранее: