Венчание чуть было не закончилось скандалом, так как сопровождавший Зою папский легат попытался войти в православную церковь с «латинским крестом».
Митрополит Филипп возразил против публичной демонстрации латинского креста в Москве и пообещал покинуть город, и, несмотря на все возражения Фрязина, легату запретили нести распятие перед ним.
Так папский легат уже в первый же день своего пребывания в столице понял, что Зоя потеряна для их дела. Тем не менее, он задержался в Москве еще на два месяца и попытался получить согласие Ивана на союз против турок. Затем он отправился на родину, увозя с собой богатые подарки и… обещание великого князя подумать.
Что же касается новоиспеченной жены великого князя, то вместе с нею на Руси появился двуглавый герб, а Кремль стал центром интриг и заговоров.
Зоя стала русской великой княгине, что очень не нравилось многим придворным. Они считали ее интриганкой, пытавшейся получить власть над супругом и ослабить позиций его бывших советников.
Князь Андрей Курбский, который порвал с сыном Василия Иваном IV и перешел на литовскую сторону, называл Софью «греческой колдуньей» и сожалел о ее дурном влиянии на Ивана III.
Однако Зоя была слишком хитра, чтобы портить отношеня с мужем и свекровью, которую очень уважал, а скорее боялся, великий князь.
Она приехала в Московию всерьез и надолго. Для окончательного утверждения на русском престоле ей нужен был сын. На радость недоброжелателям, Софья родила подряд трех дочерей. Великая княгиня молила Бога даровать ей сына.
Летом 1478 года Иван с супругой отправился на богомолье к гробу преподобного Сергия Радонежского в Троицком монастыре. И случилось чудо: у ворот монастыря Софье явился сам великий старец. На руках у него был мальчик, и она почувствовала, как в нее «что-то вошло».
Ее молитвы не прошли даром, и 26 марта 1479 года на свет появился мальчик. В честь деда его назвали Василием.
Рождение сына наложило свой отпечаток на и без того плохие отношения между Софьей и сыном великого князя Иваном Молодым.
Иван Молодой не испытывал к мачехе ни малейшего почтения и вел себя в ее присутствии вызывающе. Софья платила ему той же монетой.
Их отношения осложняло еще и то, что едва успев приехать в Москву, новая правительница стала запускать руку в великокняжескую казну, как в свой карман, и щедро одаривать своих итальянских родственников.
Как писали про Софью летописи, она «много истеряла казны великого князя; брату давала, кое племяннице давала — и много».
Особенно она облегодетельствовала своего брата Андреаса, известного на всю Европу авантюриста, который умудрился продать права на уже несуществующий к тому моменту византийский престол трем людям. У него хватило наглости сделать предложение на «права на византийский престол» и Ивану III.