В соответствии с поставленными задачами Северный флот должен был уничтожить флот противника в Баренцевом и Белом морях и вести крейсерские операции подводных лодок у западного побережья Норвегии и в проливе Скагеррак. Балтийскому флоту предстояло уничтожить боевые флоты Финляндии и Швеции (при выступлении последней против СССР), прервать морские коммуникации этих стран в Балтийском море и Ботническом заливе, во взаимодействии с авиацией Красной армии нанести поражение германскому флоту при его попытке пройти в Финский залив. Основной задачей Черноморского флота являлось обеспечение господства на Черном море, а в случае вступления Румынии в войну против Советского Союза уничтожить ее флот и блокировать ее побережье. Флотам предписывалось оказывать содействие сухопутным войскам, вести борьбу с высадкой морских десантов и действиями флота противника у своего побережья и островов.
Приказом наркома обороны СССР от 19 июня предписывалось провести маскировку аэродромов, воинских частей и важных военных объектов западных округов; к 1 июля произвести маскировку складов, мастерских, парков[1928].
21 июня было принято решение об образовании Южного фронта. В состав фронта включались войска 9-й и 18-й армий. Управление 18-й армии выделял Харьковский военный округ. Армии второго стратегического эшелона, выдвигающиеся из глубины страны на рубеж Западная Двина, Днепр, объединялись в группу армий резерва Главного Командования (19, 20, 21 и 22-я армии). Одновременно генералу армии Г. К. Жукову поручалось общее руководство Юго-Западным и Южным фронтами, а генералу армии К. А. Мерецкову – Северным фронтом с выездом на места.
Некоторые мероприятия по развертыванию и повышению боевой готовности проводились в войсках по личной инициативе командиров и начальников штабов частей и соединений. Они включали выдачу боеприпасов, отмену отпусков личному составу, строительство командных пунктов соединений[1929]. В Одесском военном округе вооружение, боевая техника и имущество неприкосновенного запаса приводилось в состояние, готовое к немедленному действию. Штабы округов отдали указания командирам соединений и частей по отработке «Плана-инструкции по подъему войск по боевой тревоге». В Киевском особом военном округе было принято решение переместить запасы дизельного топлива в тыловые районы округа и поднять уровень боевой готовности войск второго эшелона к уровню боеготовности войск прикрытия.
Командующий Прибалтийским особым военным округом в приказе от 15 июня 1941 года требовал выполнения мероприятий по рассредоточению авиации, максимальному повышению боевой готовности частей и соединений.