Соблюдая меры предосторожности в условиях нарастающей военной угрозы, военное руководство продолжало с запозданием проводить мероприятия по стратегическому развертыванию. С 15 июня в приграничные округа начали прибывать дополнительные соединения: 16-й армии – в КОВО, пять дивизий 22-й армии – в ЗапОВО. Но к 22 июня смогла прибыть только примерно половина запланированных сил и средств: пять дивизий (две стрелковых, две танковых, одна моторизованная), две воздушно-десантные бригады, два отдельных полка. В изданном 19 июня приказе наркома обороны Тимошенко предписывалось замаскировать аэродромы, воинские части и другие военные объекты[1923]. В тот же день начальник Генерального штаба от имени наркома отдал распоряжение округам о выделении фронтовых управлений и выводе их к 22–23 июня на командные пункты, а нарком ВМФ Кузнецов приказал привести флоты и флотилии в оперативную готовность № 2[1924].
Некоторые командиры и командующие на свой страх и риск предпринимали меры по повышению боеготовности войск. Так, командующий Прибалтийским Особым военным округом Ф. И. Кузнецов 15 июня своим приказом потребовал максимально повысить боеготовность частей и соединений, рассредоточить авиацию. Через три дня Военный совет округа отдал распоряжение «о приведении в готовность театра военных действий»[1925]. Начальник противовоздушной обороны округа получил приказ к исходу 20 июня привести в полную боевую готовность подчиненные ему войска. 18 июня были подняты по тревоге и приведены в полную боевую готовность штабы армий, корпусов и дивизий, к утру следующего дня их узлы связи развернулись на полевых пунктах управления[1926]. Дивизии, в том числе танковые и моторизованные, расположенные в глубине территории округа и приграничной зоне, еще в ночь на 19 июня начали выдвижение на запад.
С 14-го по 19 июня командование приграничных округов получило указания к 22–23 июня вывести фронтовые (армейские) управления на полевые пункты. Так, в телеграмме начальника Генерального штаба от 19 июня командующему войсками КОВО указывалось: «Народный комиссар обороны приказал: к 22.06.1941 управлению выйти в Тернополь, оставив в Киеве подчиненное вам управление округа… Выделение и переброску управления фронта сохранить в строжайшей тайне, о чем предупредить личный состав штаба округа»[1927]. 16 июня ЦК ВКП(б) и СНК СССР принимает запоздалое постановление «Об ускорении приведения в боевую готовность укрепленных районов».
Одновременно принимаются меры по повышению боевой готовности Военно-морского флота. 19 июня флоты и флотилии получили приказ перейти в оперативную готовность № 2. 20 июня 1941 года командующие Ленинградским, Прибалтийским особым и Одесским военными округами получили указание в двухдневный срок отработать вопросы взаимодействия с флотами в соответствии с планом прикрытия. В тот же день Главный военный совет флота, учитывая непосредственную опасность войны, потребовал от военных советов флотов, политорганов, партийных организаций усилить политическую работу в духе постоянной готовности вступить в бой с врагом.