На этой основе возникло даже мнение, что система Коперника является философски ложной, но она, подобно системе Птолемея, «математически правильна», так как не хуже старой системы мира «спасает явления», т. е. описывает видимое. В связи с этим систему Коперника в течение многих десятилетий преподавали в ряде университетов как замечательное приобретение науки, которое, к несчастию, «философски ложно». Этот взгляд четко выразил иезуит астроном Клавий, который в 1581 г. писал: «Можно сомневаться, следует ли предпочесть идти по стопам Птолемея или Коперника. Обе системы согласуются с наблюдаемыми явлениями. Но принципы, на которых построена система Коперника, заключает в себе много утверждений, являющихся абсурдными». Таким образом, Клавий уверял, что хотя система Коперника «математически правильна», она все же «философски ложна», т. е. не является картиной действительности.
Между тем учение Коперника, особенно остро поставившее вопрос о значении и роли научных гипотез, было ударом для подобного рода взглядов, так как оно основывалось на убеждении в способности человека познать сущность небесных явлений. Но вышло так, что в течение долгого времени многие думали, будто сам Коперник смотрел на свое учение глазами средневековых схоластов. В первом издании книги Коперника, вышедшем в мае 1543 г., новое учение обозначается в предисловии как гипотеза, которую «не следует считать ни истинной, ни вероятной», но которая должна служить только для того, чтобы удобнее было вычислять небесные явления. Такое заявление может показаться совершенно непонятным, если сравнить его с «посвящением» папе Павлу III и со всем содержанием самого труда. Хотя это посвящение старается ослабить противобиблейский характер основных идей труда, оно написано с убеждением и достоинством, которое тогда не могло не казаться дерзким, революционным, еретическим.
Принимая во внимание, что папа Павел III обладал серьезными знаниями в области астрономии, Коперник писал в посвящении: «Не сомневаюсь, что разумные и ученые математики согласятся со мною, если только они возьмут на себя труд (чего в особенности требует эта философская наука) изучать приводимые мною доказательства не поверхностно, а основательно. Но чтобы убедить ученых и неученых в том, что я не боюсь суждений, я посвящаю мои исследования не кому другому, как твоему святейшеству, досточтимому и в обитаемом мною отдаленном уголке земли как по высокому твоему званию, так равно и по любви своей к математике и прочим наукам, в надежде, что влияние и суждение твое легко защитят меня от придирок завистников, хотя, по пословице, против укушения интриганов и нет средств».