Супруги Блок вновь появились в ректорском флигеле осенью 1880 года. Александр Львович приехал в Петербург по учёным делам: готовить к защите магистерскую диссертацию. Александра Андреевна была на сносях. Всем близким сразу же бросилось в глаза: в молодой семье нет благополучия. Муж выглядел сдержанным, но зловещие искры частенько вспыхивали в его глазах, тени лежали на исхудалом лице жены. Что произошло между молодожёнами за полтора года жизни в Варшаве? Какая причина породила нарастающий между ними разлад? Неизвестно. Ася о чём-то печаловалась родителям, но о чём? Её младшая сестра Мария впоследствии уверяла, что Блок мучил жену своим высокомерием и ревностью, что он был болезненно скуп и подвержен приступам ярости, во время которых доходил до рукоприкладства. Но Мария Андреевна пристрастна, образ деверя в её воспоминаниях и дневниках сильно демонизирован. Так или иначе, родители Бекетовы настояли на том, чтобы Ася осталась на время родов в их доме. Александр Львович уехал в Варшаву один.
Рано утром в воскресенье 16 (28) ноября 1880 года у Александры Андреевны родился сын. О том, как его назвать, долго не размышляли: конечно, Александром. Крещён он был в той же Петропавловской церкви, где без малого два года назад венчались его родители.
Александра Андреевна не вернулась к мужу. Разрыв между ними был болезненным и долгим. Александр Львович приезжал, требовал, чтобы жена и сын приехали к нему, уезжал, писал письма, то грозные, то бранные, то умоляющие. Девять лет длился тяжёлый конфликт, пока наконец огонь не угас и спалённая любовь не обратилась в пепел. В 1889 году был оформлен развод. В том же году Александра Андреевна вступила во второй брак. Александр Львович тоже женился – и вновь неудачно…
А мальчик Александр, Саша, Сашура, родившийся тем хмурым ноябрьским утром в ректорском флигеле, рос, окружённый восторженной любовью и заботами всего семейства Бекетовых. Рос крепким, здоровым, так что приятно было смотреть. Долгими петербургскими зимами многочисленные знакомцы ректора могли наблюдать, как нянька прогуливает маленького карапуза по набережной Невы или по дорожкам университетского Ботанического сада. Другая нянька здесь же водила за ручку маленькую девочку – дочку профессора Дмитрия Ивановича Менделеева Любочку. Младенцы, наверно, встречались, но вряд ли обращали друг на друга внимание. Старики – Менделеев и Бекетов – состояли в приятельских отношениях. Их имения – менделеевское Боблово и бекетовское Шахматово – находились в Клинском уезде Московской губернии. Туда их семьи выезжали на лето.