В первое десятилетие царствования Екатерины масоны в России больше увлекались обрядовой стороной, почти не предпринимая каких-либо решительных попыток расширить свое влияние на общественную мысль. Только к концу царствования Екатерины здесь сложились две масонские системы: так называемые елагинская и циннендорфская (шведско-берлинская). Одна система была основана немцем из Берлина, посланным в Петербург от имени короля Фридриха. Другая система названа по имени Елагина, который, по его же словам, встретился где-то в пути с одним путешественником-англичанином, и тот открыл ему, «что масонство есть наука».
В 1776 году обе системы объединились, однако в масонских ложах в ту пору преобладали исключительно иностранцы, жившие в России, тогда как для самих русских масонство оставалось некой игрой «непонятных иноземцев».
Первым русским Великим мастером стал Иван Елагин, который организовывал культурные вечера при дворе Екатерины II. В 1770 году он создал первую Великую ложу России, в которую затем вошло 17 других масонских лож. По суждению Елагина, франкмасонство в России до 1770 года не носило серьёзного характера: «обращали внимание на обрядовую сторону, слегка благотворили, занимались пустыми спорами, оканчивавшимися иногда празднествами Вакха». Елагин же развил активную деятельность как в распространении франкмасонства, так и в его благоустройстве. Вследствие этого система, господствовавшая в ложах от него зависимых, называется «Елагинской». Сначала она была скопирована с английской, а потом к ней примешались влияния других систем, примешалось даже влияние розенкрейцерства, против которого выступал и сам Елагин.
Елагин купил себе целый остров на Неве (до покупки он назывался Медвежьим, а после – Елагинским). Там он построил роскошный дворец, в котором петербургские масоны стали проводить свои встречи.
Вместе с Елагиным в ряды вольных каменщиков пришла плеяда блестящих общественных деятелей. Просветитель Николай Новиков издал несколько тысяч наименований книг, назначение которых было в повышении общего образовательного уровня широких слоев населения. Его друг, масон Иван Петрович Тургенев, директор Московского университета, создал систему высшего образования. Масон Николай Карамзин написал первую полную многотомную «Историю государства Российского». Елагин в должности директора Придворных театров заложил основы национального театра.
Масон Михаил Херасков, возглавивший Петербургскую академию художеств, основал легендарную ложу «Умирающий сфинкс», членами которой были основоположники национального портрета Боровиковский, Левицкий и Рокотов, создатель русской жанровой живописи Венецианов, а также великий Брюллов.