Сама государыня, хотя и невольно, сделала немало для будущего масонства в России, насаждая в высшем обществе антихристианский дух «вольтерьянства». С ее легкой руки оно стало модным среди русской знати. Русский просветитель Н.И. Новиков записывает в это время в своем дневнике, что уже стоит «на распутье между вольтерьянством и религией».
Настоящие масоны появились в России только в конце царствования Екатерины. Одним из них был Шварц, уроженец Трансильвании. В Россию он приехал в 1780 году в качестве гувернера, но вскоре стал профессором Московского университета, где со временем сколотил вокруг себя небольшой масонский кружок из числа преподавателей и студентов. В 1782 году Россия была признана «восьмой провинцией масонского мира». Но свою «полезную» деятельность Шварц закончить так и не успел, ибо скончался в 1784 году.
Бывший член берлинской ложи «Трех глобусов» барон Шредер, направленный министром короля Фридриха из Пруссии Вёльнером для руководства русскими, занял место Шварца. Король прусский Фридрих-Вильгельм II, ревностный масон и враг России, подчинил русских франкмасонов. Таким образом посеянные семена дали всходы. Сподвижник Шварца Новиков учредил «Типографическую компанию», выпустившую в свет большое количество масонских изданий. В своих статьях он писал, что «вере учат не так, как надо», и рекомендовал, как надо учить. О его деятельности донесли императрице, особо упомянув, что Новиков «со друзьями участвует в уловлении известной особы» (наследника Павла Петровича). В 1792 году властями были опечатаны книги Новикова, из которых двадцать наименований продавались вопреки запрещению, а восемнадцать были изданы вовсе без разрешения. В это же время арестован был и сам Новиков. Заточение его в Шлиссельбурге продолжалось вплоть до кончины Екатерины II в 1796 году. Причина тяжкого приговора о заключении на 15 лет в Шлиссельбургскую крепость, постигшего Новикова, до сих пор неясна: ее видят в попытках вовлечь в деятельность масонов великого князя Павла Петровича, что крайне неприязненно было воспринято императрицей.
Екатерина II относилась к масонству резко отрицательно. В начале восьмидесятых годов в России действовало 145 масонских лож. Императрица Екатерина II всё сильнее ощущала вокруг себя, как стягивается кольцо масонского влияния, за которым проявлялась воля владетельных особ Запада, и прежде всего Германии. После конвента в Вильгельмсбаде, ещё раз подтвердившего роль русских масонов как политических агентов прусского короля, Екатерина вполне осязаемо почувствовала угрозу своей власти. Принадлежавшие к правящим родам, российские масоны вольно или невольно являлись орудием влияния западных владык. Часть из масонов входила в Её ближайшее окружение – Н.И. Панин (возглавлявший внешнюю политику России и являвшийся воспитателем сына Екатерины Павла), И.П. Елагин (кабинет-министр), В.И. Бибиков, А.В. Храповицкий (статс-секретарь), Артемьев (обер-секретарь). Активными проводниками масонской политики служили екатерининские вельможи из родов Долгоруких, Гагариных, Трубецких, Куракиных, Щербатовых, Чернышёвых, Брюсов, Репниных и многих других.