Военную географию с 1844 г. преподавал Д. А. Милютин, сам окончивший академию в 1836 г. Одновременно он разрабатывал курс военной статистики, который стал читаться с 1847 г. и являлся лучшим курсом академии. Учащиеся академии, таким образом, получали помимо специального и неплохое военно-гуманитарное образование, которое позволяло им по окончании ее занимать разнообразные должности, в том числе военно-дипломатического характера. Они участвовали в различных военно-дипломатических миссиях, назначались командующими пограничными войсками, служили в военной администрации на вновь присоединенных землях. Военные агенты при российских посольствах и миссиях за рубежом, как правило, являлись выпускниками академии. Среди выпускников академии 40–50-х гг. можно назвать таких известных военных деятелей, как Д. А. Милютин, М. Д. Скобелев, Н. М. Пржевальский, Н. Н. Обручев, М. И. Драгомиров, М. Г. Черняев, Н. П. и А. П. Игнатьевы и др. Н. П. Игнатьев и М. Г. Черняев, кстати, учились на одном курсе и окончили академию в 1851 г. в числе двенадцати выпускников. В 1854 г. академию окончил Н. Н. Обручев. Игнатьев, прекрасно учившийся, окончил академию с большой серебряной медалью. Это была вторая такая награда, присужденная со времени первого выпуска офицеров в 1834 г. До Игнатьева подобную же медаль получил выпускник 1847 г. Н. Г. Казнаков. Судя по списку выпускников академии, опубликованному Н. П. Глиноецким, золотую медаль не получил никто из 270 человек, окончивших к 1849 г. академию[19]. Почетная награда свидетельствовала о блестящих способностях и трудолюбии Н. П. Игнатьева. Однако он понимал, что военное образование, полученное им, носит ограниченный характер. Всю жизнь Николай Павлович стремился пополнять знания и расширять свой кругозор, много читал и в особенности интересовался философией, историей, социологией, политическими науками. В Китае, где он находился в 1859–1860 гг. с чрезвычайной миссией, Игнатьев имел много свободного времени. Он использовал его для чтения привезенных с собой книг, а также книг богатейшей иезуитской библиотеки, сданной на хранение в Русскую духовную миссию. В конце декабря 1859 г. Игнатьев писал отцу, что за три месяца пребывания в Пекине он прочел все, что печаталось о Китае на русском, французском, немецком, английском и даже на латинском языках. В это время он изучил также сочинения Канта, Фихте, Шеллинга, Гегеля, Штрауса, Гумбольдта и множество духовных книг из иезуитской библиотеки[20].
Итак, в ноябре 1851 г. Н. П. Игнатьев был выпущен из академии в чине ротмистра и в течение года находился в образцовых войсках. Он проходил «практику» в различных родах войск, по несколько месяцев в каждом: в артиллерийской батарее, саперном батальоне и др.