Борьба вокруг Сан-Стефанского договора показала, что Россия не имела достаточных сил для реализации своих задач на Балканах в полном объеме, ей пришлось отступить от намеченной в Сан-Стефанском договоре широкой программы преобразований в этом регионе.
Открытие заседаний Берлинского конгресса намечалось на 1 (13) июня 1878 г. В состав российской делегации первоначально предполагалось включить Игнатьева в качестве второго уполномоченного (первым был Горчаков). Однако против его кандидатуры выступили Дизраэли, Бисмарк и Андраши. Европейские дипломатические «зубры» опасались энергии и настойчивости Игнатьева, который мог осложнить работу конгресса и раскрыть всю подковерную игру европейских держав, стремившихся реализовать свои экспансионистские цели за счет балканских народов. 5 мая на совещании у Александра II кандидатура Игнатьева была окончательно отклонена. Царь и Горчаков, со своей стороны, особенно не возражали против этого, не желая обострять отношения с Европой. Вторым уполномоченным был назначен Шувалов, как дипломат, нашедший общий язык с Солсбери.
Еще в середине апреля Игнатьев составил инструкцию для уполномоченных, в основе которой лежала идея сохранения единой Болгарии. Уже не рассчитывая на приемлемость целиком этого предложения, Игнатьев советовал хотя бы сохранить территорию ее в границах Болгарского экзархата, что практически совпадало с границами, намеченными Сан-Стефанским договором. Этим он хотел преградить путь Австро-Венгрии к Эгейскому морю. Предлагалось также на конгрессе выступить против австрийской оккупации Боснии и Герцеговины и Новипазарского санджака, чтобы ограничить распространение австрийской экспансии на Балканах. Однако инструкция была оставлена без внимания, так как было ясно, что эти предложения не пройдут. Другая инструкция уполномоченным, составленная МИД, предписывала российским делегатам согласиться на раздел Болгарии (либо на северную и южную, либо на восточную и западную), исключая Македонию.
События последних месяцев угнетающе подействовали на Игнатьева. Пересмотр Сан-Стефанского договора, провал переговоров с Андраши, исключение из состава делегации на Берлинский конгресс, игнорирование всех его предложений, за которые, как он считал, еще можно было бороться, привели его к тяжелой болезни. 10 мая он получил отпуск и на следующий день уехал из Петербурга в свое киевское имение, где и оставался все лето.
К решениям Берлинского конгресса Игнатьев отнесся крайне негативно, как и подавляющая часть русского общества. Он считал, что конгресс уничтожил преобладание России на Балканах, и основную вину за это возлагал на российский МИД, слишком понадеявшийся на поддержку союзников, а также на уступчивость российских делегатов.