3 апреля «Вояджер-2» наблюдал планету с расстояния 208 млн км. На снимках с разрешением 3850 км, помимо широкой полосы, окружающей южный полюс, был найден темный овал между 20° и 30° ю.ш., простирающийся на 35° по долготе. Это образование размером с планету Марс немедленно прозвали Большим Темным Пятном – по аналогии с Большим Красным Пятном на Юпитере. Когда ученые подняли результаты январской съемки, они убедились, что это же или похожее пятно присутствовало и тогда, будучи на 10 % темнее окружающих деталей в прозрачном фильтре, но ярче в оранжевом. Период обращения для пятна опять-таки находился между семнадцатью и восемнадцатью часами.
25 и 26 апреля с помощью узкоугольной части ISS была проведена съемка с расстояния 176 млн км. Разрешение составило 3250 км, так что в центре диска один пиксель соответствовал квадрату 4 × 4° на Нептуне. Как и в январе, из троек кадров с разными фильтрами были составлены два цветных снимка с интервалом в пять часов между ними. Большое Темное Пятно (БТП) попало лишь на один из них, а светлая деталь с январской «картинки» полностью «рассосалась». В южной полярной области было обнаружено новое светлое пятно небольшого размера, причем всего лишь за 18 часов его яркость заметно увеличилась. Стало ясно, что атмосфера Нептуна весьма активна, в отличие от урановской.
По окончании съемки «Вояджер-2» сориентировался на Алькаид для теста оперативной готовности ORT-2A радиоэксперимента RSS, состоявшегося 27 апреля, а 8 мая, после штатных научных разворотов, – на Ахернар. На этапе подлета к Нептуну основной навигационной звездой стал именно он. Впрочем, уже 16 мая аппарат перенавелся на Канопус для репетиции встречи с Нептуном, а по окончании ее – вновь на Ахернар.
Генеральная репетиция 24–25 мая включала 12-часовую имитацию наиболее важных съемок и измерений из программы B951. Сеанс включал развороты на различные опорные звезды, пять из восьми разворотов сканирующей платформы, все три вида компенсации смаза изображения и маневр слежения за лимбом планеты. Единственное замечание было связано с полнотой полученных на Земле данных по радиоэксперименту во время теста ORT-3.
В ходе этой тренировки 24 мая с дистанции 134 млн км была сделана серия из пяти снимков камеры NAC с пятью разными светофильтрами. Большое Темное Пятно сохранилось, было видно также меньшее по размеру белое пятно, светлая зона над южным полюсом Нептуна и широтные полосы. Как и ранее, облик планеты существенно отличался в зависимости от фильтра: яркие детали были лучше видны в зеленом и оранжевом цвете, а темные проявляли большую контрастность в синем и фиолетовом. Руководитель группы видовой информации д-р Брэдфорд Смит отметил, что Нептун уже сейчас более интересен, чем был Уран даже в момент тесного сближения.