У молодняка с более поздним сроком рождения завершение формирования организма приходится на зимние месяцы. У них задерживается общее развитие и половое созревание, что отрицательно сказывается на воспроизведенном потомстве. Самки становятся половозрелыми в три — пять месяцев, самцы — на втором году жизни. При передержке самцов у них отмечается снижение половой активности.
Отбирая молодняк для дальнейшей племенной работы наряду с вышеперечисленными признаками следует учитывать состояние зубов, в особенности резцов, так как они чаще всего подвергаются отклонениям и различного рода деформациям. Показателем состояния здоровья служит интенсивность окраски зубов. Бледная окраска зубов присуща больным и ослабленным. У подрастающих ондатр окраска оранжево-коричневая. У взрослых животных зубы имеют желтовато-коричневый цвет.
Выполняя племенную работу, необходимо кроме умения выбрать лучших представителей породы, знать, как создавать пары для получения высокопроизводительного и здорового потомства. После отбора ондатр на племя следует подобрать такое сочетание пар, чтобы сохранились или усилились признаки, по которым велся отбор — качество опушения, цветовая гамма, размеры тела и т. д. Однако нужно помнить, что у партнеров бывают и недостатки, которые при спаривании, как правило, усиливаются. Подбирая пары, следует учитывать и степень родства животных. При постоянном сочетании близких родственников происходит снижение производительной способности ондатр, поэтому состав отобранных для племенной работы животных, нужно периодически обновлять.
Результативность племенной работы отмечают в специальном зоотехническом журнале, куда заносят все данные, полученные при наблюдении за ондатрами, а также текущие расходы на содержание и кормление. При регистрации первичных данных используют бирки, которые прикрепляют к клеткам животных. В них заносятся номер животного и перечень всех мероприятий, которые с ним проводились. Эти сведения также заносят в общий журнал учета. В журнал учета заносятся следующие данные: номер, пол, дата рождения, результаты оценки (бонитировки), у самок отмечается номер покрывшего их самца, дата родов, оставляется строчка для каждого щенка, в которую заносятся результаты бонитировки молодняка. У самцов указывается номер покрытой самки и количество щенков, рожденных от этого самца. У молодняка, отобранного для дальнейшей племенной работы, отмечают номер, пол, дату рождения, номера обоих родителей.
В новом поколении молодняка щенкам присваивается индивидуальный номер, самкам — четные номер, самцам — нечетные. Перед каждым номером добавляется год рождения. На фермах с большим количеством ондатр используется индивидуальное мечение молодняка при его отсадке.