Почвенный покров предгорных и горных районов Средней Азии характеризуется четко выраженной вертикальной зональностью: в районах низкогорий — в основном сероземы, в среднегорьях — коричневые и бурые почвы, в высокогорьях — лугово-степные светло-бурые и пустынные (на Памире). В целом почвы этих районов отличаются большим содержанием гумуса, хорошей структурой и плодородием.
Сероземы в основном распространены на предгорных равнинах, сложенных суглинками. Они протягиваются причудливой полосой у подножия горных систем Средней Азии от Ашхабада до Алма-Аты, отделяя песчаные пустыни, серо-бурые и такырные почвы равнин от собственно горной территории, и образуют особый пояс в предгорной зоне. Содержание гумуса в них колеблется от 1 до 1,5 %.
На речных террасах развиты гидроморфные лугово-сероземные почвы. Они характеризуются повышенным содержанием гумуса (2,5–3 иногда до 4–5 %).
Коричневые горно-лесные и горно-степные почвы обычно располагаются в горах на высотах от 1200–1600 до 2500–3000 м. В среднегорной полосе Северного и Центрального Тянь-Шаня развиты плодородные каштановые и черноземные почвы. В целом почвенные условия Средней Азии благоприятны для развития орошаемого земледелия. Почвы предгорий и горных территорий более плодородны, чем почвы равнин.
Водные ресурсы Средней Азии слагаются из поверхностных и подземных вод. Это крупные и мелкие реки, временные потоки (саи), ручьи. На равнинах речная сеть развита слабо; в горных районах с высотой она становится гуще. Здесь насчитывается 10–12 тыс. рек, которые, сливаясь, питают основные водные артерии. Горные реки отличаются большой скоростью течения, огромным количеством взвешенных и влекомых по дну продуктов эрозии и разрушения горных пород. Многие реки, начинаясь высоко в горах, не доходят до крупных водоемов, иссякая в песках на равнинах. Это реки Зеравшан, Теджен, Мургаб, Сарысу и др. Большинство рек относится к бассейну Аральского моря, часть — к озерам Иссык-Куль и Балхаш, некоторые реки принадлежат к бессточному бассейну р. Тарим.
Основную массу стока дают талые воды снегов (сезонных и «вечных»), а также ледники, дожди, подземные воды. Суммарный сток рек Средней Азии, по некоторым оценкам, изменяется в пределах 136,06-140 км>3/год. В том числе по Амударье и Сырдарье 100–110 км>3/год. Но большая часть воды Аральского бассейна разбирается на орошение.
Реки Средней Азии по источникам питания и режиму стока можно подразделить на ряд типов.
Самая крупная по водоносности река Средней Азии — Амударья образуется слиянием рек Пянджа и Вахша. В горах Таджикистана эта река имеет притоки только на протяжении первых 176 км, а потом она течет 1270 км по равнине, теряя воду на испарение и фильтрацию. Общий сток с горной области составляет 2500 м