Могила была вырыта близ алтарной части храма Сретения, в котором прошло двадцать лет его служения… Когда был насыпан могильный холм, то цветы прихожан полностью сокрыли землю… Отец Александр упокоился слева от престола, ближе к северной части алтаря (если смотреть прямо на иконостас) — там, где расположен жертвенник. Он как будто незримо присутствует с тех пор на каждой совершаемой в храме литургии. Присутствует своими плотью и кровью как жертва…
Когда рядом с могилой почти никого не осталось, тишину прорезала скорбная мелодия трубы. Музыкант Олег Степурко исполнял блюзовую песню «Больница святого Джеймса», полную горя и невыразимого отчаяния, и казалось, что вся природа, весь мир оплакивают батюшку.
Вскоре после убийства отца Александра расследование этого преступления взяли под личный контроль президент СССР Михаил Горбачев и председатель Верховного Совета РСФСР Борис Ельцин. Однако следствие с самого начала приняло странный характер.
На следующий день после смерти отца Александра солдаты прочесали весь окружающий лес в радиусе двух километров и железнодорожные пути, обыскали платформы… Они искали орудие убийства, или, как сказано в заключении экспертов, «рубящий предмет». Оперативники тем временем пытались установить тех, кто в то утро ожидал электричку, опрашивали жителей Семхоза и окрестных сел. Особое внимание уделялось лицам без определенного места жительства, безработным, судимым и приезжим… Уже на третий день после убийства был арестован сосед отца Александра по дому — уголовник Геннадий Бобков, который легко сознался в совершенном преступлении: «Мотивы убийства — бытовые. Орудие убийства — топор». Портфель и топор Бобков будто бы бросил в семхозский пруд. Однако и после того, как был спущен пруд, портфель и топор найдены не были.
Затем предполагаемый убийца начал менять показания и рассказал совсем другую историю, согласно которой к нему за десять дней до убийства приходил «человек в черном», подговоривший убить отца Александра Меня, а преступление помог совершить собутыльник Бобкова. «Человек в черном» в показаниях Бобкова постепенно превратился в жителя поселка Семхоз, сотрудника Отдела внешних церковных сношений Московской патриархии архимандрита Иосифа (Александра Пустоутова), а его сообщник — в старосту церкви в поселке Удельная Михаила Рогачева. «Этот черный человек мне сказал: „Ты русский или не русский?“ Я сказал: „Русский“. Затем этот человек говорит: „Как ты думаешь, как надо убить священника, который по национальности еврей?“ Ну, и Бобков говорит: „Надо подумать…“» — вспоминал показания Бобкова следователь Генпрокуратуры Владимир Соловьев.