Отец Иосиф был в доме у отца Александра лишь однажды. Мотивов для убийства не прослеживалось. С Бобковым отец Иосиф знаком не был.
Проведенный впоследствии анализ показал, что причастность Бобкова к данному преступлению была целенаправленно сфальсифицирована. Наиболее вероятной причиной, заставившей Бобкова взять на себя вину за убийство А. Меня, было психологическое и физическое воздействие на него со стороны сотрудников милиции. Этот вывод был подтвержден результатами полиграфа («детектора лжи»), а кроме того, результаты судебно-психиатрической экспертизы показали, что Бобков нездоров. «Его после ареста избивали в СИЗО, он рассказывал, что его пропускали „через строй“ и били, пришлось признаться. Следователи обошли после убийства все дома, расспрашивали, кто, мол, по вашему мнению, мог убить? Ну, и топоры забирали», — рассказывают соседи Бобкова.
Тем временем провели следственный эксперимент — вывезли Бобкова на место преступления. Эксперимент снимался видеокамерой. На обратной дороге в Москву кассета исчезла. Против следственной группы было тотчас возбуждено служебное расследование.
Спустя четыре месяца, 26 декабря 1990 года, в своей квартире был убит игумен Лазарь (Солнышко), секретарь митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия. Корреспондент газеты «Известия» Сергей Мостовщиков в своей статье связал убийство отца Лазаря с убийством отца Александра, предположив, что игумен Лазарь был членом церковной комиссии по расследованию убийства священника Александра Меня.
Руководитель следственной группы Анатолий Дзюба установил личности всех, кто находился на платформе утром 9 сентября 1990 года, за исключением двоих мужчин возраста тридцати — тридцати пяти лет. Мать местного жителя Николая Силаева (позже также попавшего в число подозреваемых) рассказывала: «Люди ехали на работу в то утро. Многие видели, как эти двое сидели на скамье на платформе и пили вино». Однако, вопреки стандартной процедуре, «фотороботы» предполагаемых убийц составлены и опубликованы не были.
После того как в ночь с 1 на 2 февраля 1991 года в московской квартире был убит игумен Серафим (Шлыков), руководителем группы назначили следователя по особо важным делам Московской областной прокуратуры Ивана Лещенкова. Следователями разрабатывалась версия, в соответствии с которой все три убийства взаимосвязаны.
Лещенков неоднократно заявлял в прессе о том, что расследование убийства священника Александра Меня близко к завершению. Однако каждый раз выяснялось, что следственная группа пошла по ложному следу. Возникало ощущение причастности к такому развитию событий некоего могущественного внешнего участника.