В итоге следствие ограничилось четырьмя версиями: уголовной, сионистской, антисионистской и политической. Уголовная версия отпала после признания неадекватными показаний Бобкова. В своей книге «Хроника нераскрытого убийства» Сергей Бычков рассказывает о том, что беседовал с одним из сотрудников КГБ в конце 1991 года, от которого получил информацию о том, что по своим каналам КГБ проверил все возможные варианты бытовой версии, поскольку почти в каждой преступной группировке есть информаторы госбезопасности. Через них стало известно, что уголовный мир не причастен к убийству православного священника.
Сионистская версия заключается в том, что отца Александра якобы убили сионисты, потому что он не благословлял на отъезд из СССР своих прихожан-евреев, стремившихся выехать в Израиль. Действительно, отец Александр считал, что массовый отъезд христиан-интеллигентов «обескровит» Россию. Но в каждом случае он подходил к этому вопросу индивидуально и некоторым людям настоятельно советовал покинуть страну — в частности, тем, кому грозил арест и кому КГБ предоставлял выбор — либо арест, либо отъезд, как это было с А. Э. Красновым-Левитиным.
Арестованный по обвинению в убийстве игумена Лазаря Михаил Потемкин заявил, что убийство игумена Лазаря — дело рук сионистских боевиков и что игумен был связным между отцом Александром Менем и его зарубежными покровителями. Более того, Потемкин утверждал, что письма и деньги, которые пересылались отцу Александру с Запада, попадали сначала к игумену Лазарю, а он передавал их Меню. Причину убийства отца Александра Потемкин видел в том, что Мень препятствовал эмиграции евреев из России. А сионисты якобы получали немалые деньги за каждого еврея, который покидал пределы СССР. Однако с начала 80-х годов Михаил Потемкин был известен как провокатор КГБ, и предложенная им версия постепенно была также квалифицирована как провокационная.
В пользу антисионистской версии говорило имевшее широкое хождение в самиздате в конце 1970-х годов анонимное «Письмо священнику Александру Меню», которое, конечно, читал и отец Александр. «Важнейшей задачей сионизма, — указывается в письме, — является борьба с христианством и, прежде всего, с Православием как наиболее верным хранителем евангельской истины. <…> Поэтому сионизм особенно заинтересован иметь в Православной Церкви своих „постовых“, которые встречали бы людей, искренне идущих к истине, и провожали бы далеко от нее, стараясь, однако, уверить, что ведут их верно, именно к Православию. <…> Таким „постовым“ сионизма в Православии и являетесь Вы, отец Александр». Через несколько лет после смерти в 1986 году известного богослова, митрополита Ленинградского и Новгородского Антония (Мельникова), это письмо было опубликовано в интернете на ряде сайтов от имени митрополита Антония. Однако бывший референт Отдела внешних церковных сношений Московской патриархии, близко знавший митрополита Антония и рукоположенный им в священный сан игумен Иннокентий (Павлов) сообщил о том, что авторство митрополита Антония в данном случае является подлогом. По словам игумена Иннокентия, подложным является не только содержание, но и сам жанр «открытого письма», поскольку в советское время «не было такого СМИ, где его было возможно „открыть“».