Лидер национально-патриотического фронта «Память» Дмитрий Васильев открыто заявлял, что Александр Мень — еретик и что как проповедник он «не только приносит вред, но и очень опасен». В этой связи группа Лещенкова подробно прорабатывала версии, инспирированные «церковным» отделом КГБ и изложенные в газетных публикациях о «еврейском заговоре» внутри общины отца Александра, который якобы существовал для разрушения РПЦ изнутри. Следователи группы Лещенкова выясняли, в частности, «является ли богоизбранность евреев по рождению выражением расовой теории», а также «каким образом относились к о. А. Меню люди, традиционно воспитанные в иудаизме». Также Ивана Лещенкова интересовала тема ритуальных убийств, якобы практикуемых в талмудическом иудаизме, поднимавшаяся еще в начале XX века на следствии по делу Бейлиса. Эта тема возникла в попытке проследить взаимосвязь трех вышеупомянутых убийств священников. Но погибшие вскоре после отца Александра служители церкви были убиты дома, и, как выяснилось, причина их смерти не связана с его смертью. С игуменом Лазарем (Солнышко) отец Александр был знаком лишь постольку, поскольку, обращаясь к митрополиту, он был вынужден общаться с его секретарем. С отцом Серафимом (Шлыковым) вообще знаком не был.
Основная «антисионистская» версия сводилась к тому, что убийство отца Александра — дело рук православных архиереев. Так, в публикации еженедельника «Аргументы и факты» (№ 39 за 1991 год) указывалось, что «бывший сотрудник церковного отдела КГБ» сообщал о том, что отец Александр перед смертью якобы получил «материалы, компрометирующие высшее церковное, партийно-государственное и чекистское руководство». Известно, что никто из представителей Русской Православной церкви не принес своих соболезнований вдове отца Александра до момента его похорон, за исключением митрополита Ювеналия, служившего панихиду на его могиле. В послании, которое было направлено в день похорон отца Александра патриархом Алексием II, было указано: «В своем богословском дерзновении отец Александр иногда высказывал суждения, которые без специального рассмотрения нельзя охарактеризовать как безусловно разделяемые всей Полнотой Церкви». Позже русско-американский журнал «Вестник» опубликовал гипотезу бывшего сотрудника журнала «Совершенно секретно» Вадима Молодого, в которой утверждается, что отец Александр Мень имел информацию о сотрудничестве очень высокопоставленных чинов РПЦ с КГБ и записал интервью с соответствующими разоблачениями.
Однако эта гипотеза не соответствует той парадигме, в которой жил и работал батюшка. Ведь на любые предложения заниматься политикой отец Александр всегда отвечал отказом. Даже когда в эпоху «Перестройки» у него появились широкие возможности поддержать демократические преобразования в стране, он неизменно говорил о том, что нужно спешить донести людям Слово Божие. «Я помню одну из бесед с отцом Александром, когда он с глубоким восторгом говорил о тех возможностях, которые открылись сегодня для Церкви, — рассказал митрополит Ювеналий в памятный день похорон отца Александра. — И я спросил его тогда: „Вы популярный человек. Почему же не баллотировались в народные депутаты?“ И он мне ответил со свойственной ему искренностью и детской простотой: „Владыко! Когда нам заниматься политикой? Сегодня мы имеем возможность день и ночь Слово Божие проповедовать, и я полностью отдал себя этому“». Журналист парижской газеты «Русская мысль» Александр Тарасов писал в этой связи следующее: «Александр Мень с редким упорством отказывался поддержать попытки „радикалов“ подтолкнуть политические процессы в стране, отстаивая идею медленного мирного эволюционного пути и — в первую очередь — сознания»