Одновременно с Совместной декларацией был подписан протокол, в котором устанавливалось, что до заключения договоров или соглашений, предусмотренных статьей 7 декларации (отношения в области торговли, торгового мореплавания и другие коммерческие взаимоотношения), обе стороны приложат все возможные усилия с целью развития торговли между обоими государствами, для чего предоставят друг другу режим наиболее благоприятствуемой нации в отношении всех видов таможенных пошлин, сборов, таможенных формальностей, а также в отношении судов каждой из договаривающихся сторон в портах. Тем самым закладывалась основа будущего торгового договора и значительного расширения торгово-экономического сотрудничества двух соседних народов. 27 ноября Совместная декларация единогласно была ратифицирована палатой представителей японского парламента, а 2 декабря – при трех «против» – палатой советников. 8 декабря ратификацию Совместной декларации и других документов утвердил император Японии. В тот же день она была ратифицирована Президиумом Верховного Совета СССР. Затем 12 декабря 1956 г. в Токио состоялась церемония обмена грамотами, что означало вступление Совместной декларации и прилагаемого к ней протокола в силу.
После ратификации Совместной декларации из Москвы в Сахалинскую область были направлены разъяснения по поводу предстоящей, как тогда считалось, передачи островов Хабомаи и Шикотан под японскую юрисдикцию. Одновременно подтверждалась линия на хозяйственное развитие остальных островов Курильской гряды. Это свидетельствовало о готовности тогдашнего советского правительства выполнить достигнутые договоренности. Однако США в ультимативной форме потребовали от Японии отказаться от заключения советско-японского мирного договора на условиях Совместной декларации. После отставки кабинета Хатояма новый кабинет министров Японии возглавил Тандзан Исибаси, а спустя три месяца его сменил проамерикански настроенный Нобусукэ Киси (дед нынешнего премьер-министра Японии Синдзо Абэ). Хотя сначала Киси заявлял в парламенте о намерении заключить мирный договор с СССР, затем, уступая давлению США, стал уходить от переговоров по этому вопросу. Для «обоснования» такой позиции вновь были выдвинуты требования вернуть Японии четыре южно-курильских острова. Это был явный отход от положений Совместной декларации. Советское же правительство действовало в строгом соответствии с достигнутыми договоренностями. СССР отказался от получения репараций с Японии, согласился досрочно освободить отбывавших наказание японских военных преступников, поддержал просьбу Японии о приеме в ООН.