Хотя при обсуждении вопроса о заключении пакта имели место разногласия между армией и флотом, они не носили принципиального характера. На заседании высших руководителей армии и флота 22 июля было решено, что «если со стороны Германии и Италии будет предложено заключить военный союз, Япония рассмотрит эту возможность». Эта установка была закреплена 27 июля на заседании координационного комитета правительства и императорской ставки в документе «Программа мероприятий, соответствующих изменениям в международном положении».
Стремление гитлеровского руководства как можно скорее использовать Японию для реализации собственных стратегических планов усилилось осенью 1940 г., когда стало ясно, что быстро одержать победу над Великобританией не удастся. В этих условиях важно было поощрить Токио на активизацию экспансии в южном направлении с тем, чтобы создать для англичан реальную опасность ведения войны на двух отдаленных друг от друга фронтах. С другой стороны, приняв 31 июля 1940 г. решение о подготовке к нападению на СССР весной следующего года, Гитлер хотел иметь Японию союзницей и в этой войне. В ходе германо-советской войны, по планам немцев, японские войска должны были сковывать советские вооруженные силы на Дальнем Востоке, не допускать их переброски в европейскую часть страны, а при необходимости, по согласованию с Германией, разгромить их. При этом, однако, Гитлер, продолжая рассматривать Японию и Италию как младших партнеров, предназначенных для выполнения второстепенных задач, распорядился не посвящать руководителей стран-союзниц в антисоветские планы.
В сентябре 1940 г. в Токио начались официальные переговоры о заключении японо-германского военного союза. Германию на переговорах представлял специальный уполномоченный правительства Г. Штамер. Следуя указаниям руководства, германский эмиссар не скрывал, что в Берлине хотели бы согласия Японии как с антиамериканским и антибританским характером союза, так и с его антисоветской направленностью. Однако на данном этапе, указывал Штамер, Германии и Японии важно использовать союз в первую очередь для «устрашения Америки». Японские представители с пониманием относились к подобным геополитическим построениям. Уже в начале переговоров посол Германии в Токио генерал Отт докладывал в Берлин, что «атмосфера благоприятствует германскому плану».
Однако сомнения у японцев оставались. Как и ранее, им не хотелось создавать у Великобритании и США впечатления о том, что союз создается против них. Характеризуя позицию Японии, Риббентроп писал своему послу в Токио 26 апреля 1939 г., что после заключения союза Япония хотела бы «вручить декларацию английскому, французскому и американскому послам следующего содержания: пакт является только развитием Антикоминтерновского пакта; стороны рассматривают Россию как врага. Англия, Франция и Америка не должны думать, что подразумеваются они».