Истребителю с новым двигателем присвоили обозначение Ю-88 С1. На самолете установили двигатель BMV 801МА и две 20-мм пушки MG FF, а также два курсовых 7,9-мм пулемета MG 17. Но поскольку двигатели BMV 801МА требовались в первую очередь для самолетов ФВ-190, ни один экземпляр Ю-88 С1 так и не был закончен.
А работы по варианту Ю-88V7 шли полным ходом, и самолет был подан на войсковые испытания, и германское Министерство авиации заказало переделку нескольких Ю-88 А1 в истребители Ю-88 С2.
Вооружение Ю-88 С2 было таким же, как и у Ю-88V7, но истребитель не имел остекления носовой части, за которой установили 11-мм бронеперегородку, обеспечивавшую защиту экипажа и крепление пушек. Задний бомбоотсек был сохранен. В нем можно было подвесить десять 50-кг бомб. С двумя двигателями Jumo 211В-1 самолет развивал скорость 470 км/ч на высоте 5500 метров. Дальность полета с дополнительным баком, установленным на месте переднего бомбоотсека, составляла 1800 км. Максимальный полетный вес был 11 000 кг.
В 1940 г. выпуск истребителей Ю-88 С2 составлял всего 3 % от количества произведенных за этот год бомбардировщиков Ю-88. Первой машины Ю-88 С2 получила эскадрилья в составе KG 30, базировавшаяся в Тронхейме и вооруженная самолетами Ю-88 А1 и Ме-110.
Самолеты Ю-88 С4 были уже настоящими истребителями, а не переделанными бомбардировщиками, как Ю-88 С2. В основе этой машины был планет от Ю-88 А4 с увеличенным до 20 метров размахом крыла. Наступательное вооружение дополнили двумя 20-мм пушками MG FF в нижней гондоле, боекомплект составлял 120 снарядов на ствол. Эти пушки, как и пушка, установленная в носу, были наклонены вниз на 5°. Оборонительное вооружение также усилили. В расширенной задней части кабины, в бронированных шаровых установках установили два 7,9-мм пулемета MG-81J, с 900 патронами на ствол. В нижней задней части гондолы стоял 7,9-мм пулемет MG 15. Под центропланом были установлены четыре бомбодержателя, на которые можно было подвесить два контейнера вооружения Waffenbehalter (WВ 81), каждый с шестью пулеметами MG 15 и с боезапасом. WВ 81 предназначались для штурмовки, и их пулеметы были наклонены на 15°, чтобы вести огонь вне дисков винтов. Взлетный вес Ю-88 С4 значительно увеличился, что компенсировалось усиленным шасси по образцу Ю-88 А4.
Первый серийный самолет Ю-88 С4 был готов осенью 1941 г. Его оснастили двигателями Jumo 211F-1. Но с весны 1942 г. их заменили на Jumo 211J-1 или Jumo 211J-2, взлетной мощностью 1340 л.с.
Две пушки MG FF в нижней гондоле можно было снять и установить там две фотокамеры, превратив таким образом Ю-88 С4 в разведчик.