Появлению Ю-88 С4 предшествовала проработка варианта под двигатель BMW 801 МА. Опытный Ю-88 С2 с этим двигателем получил обозначение Ю-88 С3. Летные данные заметно улучшились, но двигатели BMW все еще оставались в дефиците, а самолет Ю-88 С2 считался вполне удовлетворяющим своим задачам. В результате работы по Ю-88 С3 прекратили, но конструкторы «Юнкерса» продолжали настаивать на необходимости создания варианта истребителя, оснащенного двигателем ВМW 801, и параллельно с Ю-88 С4 создали новый Ю-88 С5.
Этот вариант был готов в начале 1942 г. На нем стояли два двигателя ВМW 801D-2, взлетной мощностью 1700 л.с. Нижняя гондола с самолета была снята и заменена на так называемое сбрасываемое вооружение (Waffentropfen) – выступавший из бомболюка контейнер с двумя пулеметами MG 17. Максимальный взлетный вес Ю-88 С5 достигал 11 600 кг, а скорость на высоте 6000 метров составляла 566 км/ч. Из-за сложностей с поставками двигателей ВМW было построено только десять предсерийных Ю-88 С5, которые после испытаний использовались как опытные самолеты.
После выпуска менее ста Ю-88 С4 с начала 1942 г. в серию пошел Ю-88 С6 – первый вариант истребителя, попавший в массовое производство. Он был оснащен теми же двигателями Jumo и почти не отличался от своего предшественника. Только его бронирование было усилено, поскольку новый самолет проектировался как истребитель-штурмовик, а не ночной истребитель, хотя и поставлялся вначале в NJG 2. Сразу после прибытия в Катанье, на Сицилии, I/NJG 2 выдвинула одну свою эскадрилью в Бенгази и действовала как днем, так и ночью. В первом случае, в основном, овеществлялось прикрытие конвоев в Африку, а во втором – налеты на Мальту. С апреля 1942 г., когда группу передислоцировали в Северную Африку, в ее состав прибыл первый истребитель Ю-88 С6.
Ю-88 С4 поставлялись как с двумя пушками MG FF/М в нижней гондоле, так и без них. Оборонительное вооружение было различным. В задней части кабины назад ставились два пулемета MG 81 с боекомплектом 900 патронов на ствол, либо один 7,9-мм пулемет MG 15, либо один 13-мм пулемет MG 131. В задней части гондолы ставились либо спарка MG 81Z с 1800 патронами, либо один 7,9-мм пулемет MG 15.
В течение 1943 г. промышленность выпустила 706 истребителей Ю-88, и к концу года в Центральном воздушном командовании имелось уже три группы, вооруженные этими машинами: NJG 2 c 64 Ю-88 С6b, I, II и IV группы в NJG 3 и по одной группе в NJG 1 и 6.
В конце 1943 г. появился новый вариант истребителя, получивший обозначение Ю-88С-7а. На нем нижняя гондола была заменена на «Waffentropfen” с теми же 20-мм пушками MG FF/М, выступавшими из переднего бомбоотсека, а в заднем бомбоотсеке можно было подвесить до 500 кг бомб. В носу фюзеляжа устанавливались три пулемета MG 17 и одна пушка MG FF/М. Самолет был оснащен двигателями Jumo 211J-1 или Jumo 211J-2.