Стрельбы завершились успешно, но пушку получили лишь несколько десятков самолетов. Все они были собраны в составе Erprobungskommando 25 для проверки эффективности пушки в боевых условиях. Если Ме-410V2, проходивший испытания, кроме 5-см пушки, нес и стандартное вооружение, то самолеты из Erprobungskommando 25 были вооружены только 5-мм пушкой и оснащены прицелом ZFR 4а. Эта модификация самолета получила обозначение Ме-410A-1/U4. Испытания в боевой обстановке прошли успешно, и было решено оснастить пушкой ВК-5 еще сто самолетов.
Новые Ме-410А-1/U4 сохранили стандартное вооружение и были собраны в составе группы II./ZG 26, переформированной в конце лета 1943 г. Перед этим группа называлась III./ZG 1 и имела на вооружении Ме-210А-2.
Поскольку стандартный Ме-410А-1 было трудно приспособить для роли разведчика, был создан специализированный разведывательный самолет Ме-410А-3. У этого самолета фотоаппаратуру разместили в передней части фюзеляжа, сняв при этом наступательное вооружение. В апреле 1944 г. начался выпуск Ме-410, оснащенных двигателем DB 603 S с повышенной степенью сжатия. Это позволяло кратковременно форсировать двигатель до 1900 л.с. при 2700 оборотах в минуту.
Ме-410В-1 и В-2 были быстрыми бомбардировщиками и тяжелыми истребителями. Ме-410В-1/ U2 и U4 соответствовали самолетам серии А-1. Ме-410B-1/U2 оснащался Waffenbehaelter 151 с двумя пушками MG 151/20E. У самолетов Ме-410B-2/U2 стандартное вооружение заменили на две 3-см пушки МК 103, а дополнительное вооружение состояло из 5-см пушки ВК 5. Кроме того, самолеты этого типа оснащались прицелом ZFR 4 и двигателями DB 603G. Кроме того, было выпущено некоторое количество сменных комплектов вооружения Rustsatz, которые должны были расширить возможности стандартных самолетов. Машины, оснащенные сменными комплектами вооружения, получали дополнительное обозначение. Например, Ме-410B-2/U2/R2 (или R3, R4, R5). На Ме-410 в порядке эксперимента устанавливали и другое вооружение, предназначенное для борьбы с бомбардировщиками противника. Например, в апреле 1944 г. вместо пушки ВК 5 смонтировали 3,7-см пушку ВК 3,7. Несколько самолетов, вооруженных подобным образом, проходили испытания в боевых частях.
На некоторых машинах под центропланом установили пусковые установки для 21-см ракет Wurf Granat 210. На самолете Ме-410А-1 (W.Nr.1050) смонтировали шеститрубную пусковую установку для ракет этого типа. Как показали пробные испытания, одновременный пуск шести ракет серьезно повреждал машину. Тем не менее работы в этом направлении продолжали вести. Путем многочисленных экспериментов удалось добиться относительно безопасного пуска. 8 мая 1944 г. Верховное командование отдало приказ переделать все самолеты Ме-410 вариантов А-1 и В-1 в A-1/U2 и B-1/U2, соответственно, приспособив их к роли тяжелого истребителя. Однако переделано было относительно немного машин.