Например, в I и II группах KG 51 продолжали использовать Ме-410 в качестве бомбардировщиков, а кроме того, в конце лета в этом полку самолеты Ме-410 начали менять на Ме-262.
Короткое время самолеты Ме-410 использовали в качестве ночных истребителей в I./NJG 1 (апрель 1944 г.) и I./NJG 5 (май 1944 г.). Однако большинство Ме-410 действовало в составе групп тяжелых истребителей и разведчиков. Разведывательный вариант самолета – Ме-410В-3 – отличался от Ме-410А-3 только типом двигателей.
Заново сформированная во Франции группа I./ZG 1 (Лориен), а также группа II./ZG 1 (Ван), входившие в состав X Fliegerkorps, располагали машинами Ме-410В-6. Летом 1944 г. группы отвели из Франции и включили в состав системы противовоздушной обороны рейха. Самолеты Ме-410В-6 оснащались морским поисковым радаром FuG 200 «Hohentwiel». Пулеметы MG 17 на этих самолетах заменили на пулеметы MG 131. Кроме того, машины этого типа стандартно оснащали Waffenehaelter 103.
Несмотря на начальный успех, число самолетов Ме-410 постоянно сокращалось. Были они менее маневренны и не могли уйти от «Мустангов». Когда же в сентябре 1944 г. была начата «Jagernotprogramm», ограничивавшая выпуск двухмоторных истребителей, выпуск Ме-410 полностью прекратили. Всего в 1944 г. было выпущено 702 истребителя Ме-410, из которых 258 изготовили на заводе «Дорнье-Верке». За все время немецкая промышленность построила 1160 самолетов Ме-410 (не считая машин, переделанных из Ме-210).
Еще до завершения серийного выпуска и свертывания проектных работ над Ме-410 было построено несколько прототипов версии В. Это были:
– Торпедоносец Ме-410В-5. Самолет оснащался морским радаром FuG 200 «Hohentwiel» и был вооружен только двумя пушками MG 151/20E. Кроме того, самолет мог нести другие типы вооружения, например, бомботорпеды В Т. Чтобы увеличить радиус действия, самолет мог оснащаться дополнительными топливными баками, монтируемыми вместо кормовых пулеметов MG 131. Дополнительный бак емкостью 650 литров можно было установить в бомбоотсеке. Все наступательное вооружение самолета размещалось на внешней подвеске. Самолет мог нести две бомботорпеды ВТ-400 или четыре ВТ-200, подвешиваемые под центропланом. Вместо торпед самолет мог нести бомбу SC 1800 (при демонтированном 650-литровом баке), или одну торпеду LT 56 (900 кг), или одну торпеду LT 5 (800 кг).
– Ме-410B-5 также мог нести рикошетирующую бомбу «Rollbombe» SB 800 RS «Kurt», предназначенную для уничтожения гидротехнических сооружений, или бомбу SB 1000/410, оснащенную парашютом. Предусматривалась возможность вооружать самолеты Ме-410 планирующими торпедами L 10 «Friedensengel».