– Тяжелый истребитель Ме-410В-6, у которого курсовые пулеметы MG 17 калибра 7,92 мм были заменены на 13-мм пулеметы MG 131. Предусматривалась возможность установки двух 30-мм пушек МК 103 в бомбовом отсеке. Самолет мог быть вооружен морским радаром FuG 200 «Hohentwiel».
Существовали также проекты самолетов Ме-410В-7 и В-8 – дневных и ночных разведчиков. В-8 нес прожектора, смонтированные в оружейном отсеке. Оба варианта несли стандартное вооружение. Был построен только один прототип.
Командование люфтваффе настаивало на необходимости увеличения потолка самолета для борьбы с «Летающими крепостями». С этой целью на базе Ме-410В-2 начались работы над вариантом Ме-410Н, оснащенным двигателями DB 603G. Самолет получил прямоугольные консоли, при этом размах крыла достиг 22,99 м, а площадь крыльев – 46,5 кв. м. Самолет вооружили двумя 2-см пушками MG 151/20Е, двумя 30-мм пушками МК 108 и двумя 3-см пушками МК 103. Самолет мог брать 1100 кг бомб. Собственный вес самолета составлял 12 000 кг, а полный вес – 13 400 кг. У земли самолет развивал скорость 529 км/ч, а на высоте 6500 м – 629 км/ч.
Планировалось переделать самолеты Ме-410В в Ме-410Н, но программа была свернута прежде, чем успели подготовить соответствующую документацию. Всего было построено 1160 самолетов Ме-410. Из них 902 построили на заводах «Мессершмитт», а 258 штук – на заводах «Дорнье-Верке» в Оберпфаффендорфе.
Первые пять самолетов Ме-410 были приняты люфтваффе в январе 1943 г. В апреле было принято еще 48 машин. В апреле– мае 1943 г. старые Ме-210А-2 заменили на новые Ме-410A-1/U2 в II./ZG 1 «веспен» и 2.(F) /122.
Одной из первых частей, получивших Ме-410 в варианте тяжелого истребителя, стала Erprobungskommando 25 капитана Эдуарда Тратта. Эта часть базировалась в Виттмундхафене и предназначалась для тактических испытаний тяжелого авиационного вооружения, в том числе крупнокалиберных пушек и ракет. В сентябре 1943 г. капитан Тратт получил должность командира II./ZG 26 «Horst Wessel». Эта истребительная группа прикрывала территорию рейха от налетов союзнической авиации. Сначала группа дислоцировалась в Оберпфаффенхофене, а потом – в Кёнигсберге. Сам Тратт погиб 22 февраля 1944 г. в воздушном бою с американскими бомбардировщиками над Нордхаузеном. К моменту своей гибели Тратт одержал 39 воздушных побед.
Эскадрилья 5./KG 2 начала переходить с До-217 на Ме-410А-1 в апреле 1943 г. До 20 мая 1943 г. на вооружении II./KG 2 находилось 39 истребителей Ме-410 А-1 и 17 истребителей До-217E. Однако в июне самолеты передали в формируемую группу V./KG 2, которая должна была на практике опробовать Ме-410 в роли скоростного бомбардировщика. Группу сформировали на базе II./KG 40, 5./ KG 2, и, вероятно, KG 101. В январе 1944 г. V./KG 2 переименовали в II./KG 51. Совместно с I./KG 51 «Эдельвейс», уже перешедшей с Ю-88 на Ме-410А-1, группа начала налеты на Великобританию. Союзники назвали эту операцию «Baby blitz». Группа дислоцировалась на аэродроме Бовэ, во Франции.